专利法第七十条规定，使用者、许诺销售者、销售者合法来源抗辩成立时，免除其赔偿责任。争议在于，善意的使用者在证明合法来源且已支付合理对价的情况下是否还应停止使用。实践中，侵权产品的使用者通常不知道也不应当知道其购买的是侵权产品，因使用者在侵权行为链条的末端，容易被权利人发现，故权利人往往选择起诉使用者。即使制造者、销售者和使用者均为共同被告，若依照专利法第七十条，使用者仅免除赔偿损失，其仍应承担停止使用的侵权责任。若不停止使用，则需支付专利使用费，作为不停止使用的替代。为厘清专利权与其他民事权利的法律边界，根据利益平衡原则，《解释二》第二十五条通过但书将善意使用者予以排除。
在起草过程中，有一种意见认为：该条免除了善意使用者不停止使用的责任，与专利法第七十条存在冲突；另一种意见则认为：在制度本意上，设立合法来源抗辩制度是为了打击侵权源头，而制造者才是侵权的主要源头。Trips协议亦未要求善意使用的行为应被禁止。使用者在主观上是善意的，在客观上提供了合法来源，且在获得该侵权产品时向销售者支付了合理对价，理应阻却专利权禁止力的延伸。专利权排他性强，但不等于可以无限扩张。专利法不仅仅是专利权人的法，一味地强调专利权人单方的利益，置善意使用者的正当利益于不顾，将侵占善意使用者的合理空间、妨碍交易安全，这并非专利法第七十条的原意，也有违利益平衡的法律基本精神。我们在征求有关立法部门意见的基础上，《解释二》最终采纳了第二种意见。
有关判令停止侵权行为的问题，《解释二》第二十六条规定，通常情况下，侵权人一经侵权，应当承担停止侵权的法律责任，但如果侵权人停止被诉侵权行为将损害国家利益、公共利益时，法院也可以不判令其停止被诉侵权行为，而代之以支付合理的使用费。关于侵权责任的承担方式，专利法未作明确规定，但侵权责任法第十五条规定承担侵权责任的方式，可以单独适用，也可以合并适用。《解释二》第二十六条属于在个案中对民事责任承担方式的确定，是侵权责任法等法律适用的应有之义。虽然专利法规定了专利强制许可制度，但《解释二》第二十六条与专利强制许可制度并行不悖。若将行政机关颁发强制许可作为民事侵权诉讼的前置程序，则将导致民事诉讼的中止，人为地将救济程序复杂化，不利于及时定纷止争。需要指出的是，只有在损害国家利益、公共利益等极特殊的例外情况下，法院才不判令停止被诉行为，停止侵权仍是专利侵权责任的基本方式。
此外，《解释二》还对近年来倍受关注的功能性特征、标准必要专利、禁止反悔规则、发明专利临时保护期等问题作了规定。
《解释二》的出台，是最高人民法院积极营造有利于创新的法治环境的重要举措，丰富和完善了我国专利法律制度，将进一步遏制侵犯专利权的行为，进一步强化司法裁判对科技创新的导向作用，进一步有效激励自主创新和技术跨越，为大众创业万众创新提供有力的法律保障。
