(一) 关于第二部分第一章的修改(不授予专利权的申请)
修改点：
修改后的《指南》明确规定：涉及商业模式的权利要求，如果既包含商业规则和方法的内容，又包含技术特征，则不应当依据专利法第二十五条排除其获得专利权的可能性。(第4.2节)
修改理由：
修改前的《指南》规定，商业实施等方面的管理方法及制度作为智力活动的规则和方法，属于不授予专利权的客体。随着互联网技术的发展，涉及金融、保险、证券、租赁、拍卖、投资、营销、广告、经营管理等领域的商业模式创新不断涌现，这些新商业模式市场运行效果好、用户体验佳，提升了资源配置和流动效率，节约了社会成本，增进了社会福利，因此应当对此类商业模式创新中的技术方案给予积极鼓励和恰当保护，不能仅仅因为技术方案包含商业规则和方法就不授予专利权。
(二) 关于第二部分第九章的修改(关于涉及计算机程序的发明专利申请审查的若干规定)
修改点一：
修改后的《指南》进一步明确“计算机程序本身”不同于“涉及计算机程序的发明”，允许采用“介质+计算机程序流程”的方式撰写权利要求。(第2节)
修改理由：
根据我国专利法第二十五条和修改前的《指南》第二部分第一章的列举性规定，“计算机程序本身”属于智力活动的规则和方法，不能获得专利保护。修改前的《指南》第二部分第九章第1节对“计算机程序本身”进行了明确定义。但是在第2节“涉及计算机程序的发明专利申请的审查基准”中，没有区分表述“计算机程序”与“计算机程序本身”，实践中容易产生“涉及计算机程序的发明”不能获得专利保护的误解。对此，为了对两者进行区分，在第2节第(1)项中的“计算机程序”或者“程序”之后增加“本身”，澄清仅仅是“计算机程序本身”不属于专利保护的客体，“涉及计算机程序的发明”可以获得专利保护，进而也明确了允许采用“介质+计算机程序流程”的方式撰写权利要求。
修改点二：
修改后的《指南》删除第5.2节第1段中的“并详细描述该计算机程序的各项功能是由哪些组成部分完成以及如何完成这些功能”，并在第1段最后增加“所述组成部分不仅可以包括硬件，还可以包括程序”，明确“程序”可以作为装置权利要求的组成部分。此外，将第1段中“即实现该方法的装置”适应性地修改为“例如实现该方法的装置”。(第5.2节)
修改理由：
计算机产品的特点在于软件与硬件是两个协同工作的组成部分，都可以进行改进和创新。涉及计算机程序的发明专利申请的权利要求可以写成一种方法权利要求，也可以写成一种产品权利要求。根据修改前的《指南》，装置权利要求的撰写方式容易将程序流程理解为限定硬件的方法或功能。为了引导申请人直接明确地描述其发明创造中涉及的程序流程方面的改进，进行了以上修改，明确“程序”可以作为装置权利要求的组成部分。
修改点三：
修改后的《指南》将第5.2节第2段中的“功能模块”修改为“程序模块”。(第5.2节)
此外，删除对实践已无指导意义的【例9】“一种以自定学习内容的方式学习外语的系统”。(第3节)
修改理由：
修改前的《指南》有关“功能模块”的表述未能清楚地反映技术本质，且易与“功能性限定”的表述混淆。
(三) 关于第二部分第十章的修改(关于化学领域发明专利申请审查的若干规定)
修改点：
修改后的《指南》新增第3.5节“关于补交的实验数据”，将第3.4节第(2)项涉及补交的实验数据的内容移至第3.5节，并将“申请日之后补交的实施例和实验数据不予考虑”修改为“对于申请日之后补交的实验数据，审查员应当予以审查。补交实验数据所证明的技术效果应当是所属技术领域的技术人员能够从专利申请公开的内容中得到的”。(第3.5节)
修改理由：
在判断说明书是否充分公开时，应当以原说明书和权利要求书记载的内容为准。
修改前的《指南》规定，对申请日之后补交的实验数据不予考虑。但是当补交的实验数据是用于证明所属技术领域的技术人员能够从专利申请公开的内容中得到的技术效果时，审查员应当予以审查。为了避免现行规定可能带来的误解并明确审查员如何对补交的实验数据进行审查，进行以上修改。
(四) 关于第四部分第三章的修改(无效宣告请求的审查)
修改点一：
修改后的《指南》适度放开专利文件的修改方式，允许在权利要求中补入其他权利要求中记载的一个或者多个技术特征，以缩小保护范围，并允许对权利要求书中的明显错误进行修正。(第4.2节、第4.6.2节、第4.6.3节)
修改理由：
根据修改前的《指南》的规定，对授权后专利文件的修改仅限于在无效宣告程序中权利要求的删除、合并和技术方案的删除这3种方式。实践中，专利权人希望专利文件的修改方式能够更加灵活，允许补入权利要求中或者说明书中记载的技术特征，允许修正明显错误。但是，由于专利权的保护范围以权利要求的内容为准，授权公告的权利要求书具有公示性，因此对专利文件的修改不能损害社会公众的信赖利益。综合考虑后，适度放开专利文件的修改方式。
修改点二：
修改后的《指南》明确请求人“针对专利权人以删除以外的方式修改的权利要求”增加无效宣告理由的，应当仅“针对修改内容”。(第4.2节)
删除修改前的《指南》中关于“针对专利权人以合并方式修改的权利要求”允许请求人在指定期限内补充证据的规定，避免造成程序上不合理的延长。(第4.3.1节)
修改理由：
我国专利法实施细则第六十七条规定，在国家知识产权局专利复审委员会受理无效宣告请求后，请求人可以在提出无效宣告请求之日起1个月内增加理由或者补充证据;逾期增加理由或者补充证据的，专利复审委员会可以不予考虑。在实践中，当专利权人对专利文件进行修改后，则需要给予请求人增加其无效宣告理由的机会，但是应当仅针对专利权人所作的修改。鉴于前述适度放开了专利文件修改方式，遂进行以上修改。
当专利权人以补入其他权利要求中记载的技术特征的方式修改权利要求时，由于并未引入此前权利要求书中不存在的技术特征，请求人仅需对其已经提交证据的组合方式进行调整，并不需要再另行补充证据，因此进行以上修改。
(五) 关于第五部分第四章的修改(专利申请文档)
修改点：
修改后的《指南》增加允许公众查阅和复制的内容：在第5.2节第(2)项中，对于已经公布但尚未公告授予专利权的发明专利申请案卷，删除“直到公布日为止”的规定，将公众可以查阅和复制的范围扩大到实质审查程序，内容包括向申请人发出的通知书、检索报告和决定书;在第(3)项中，对于已经公告授予专利权的专利申请案卷，将“优先权文件”、专利局发出的“检索报告”列入允许查阅和复制的内容，删除“申请人或者有关当事人对通知书的答复意见正文”中的“正文”一词，将查阅复制的范围从答复意见正文扩大到修改文件等。此外，由于第5.1节“查阅和复制的原则”中已经明确了是否允许查阅和复制的判断原则，可据此确定文件是否允许查阅和复制，因此删除第5.2节第(5)项规定：“除上述内容之外，其他文件不得查阅或者复制。” (第5.2节)
修改理由：
修改前的《指南》规定，对于已经公布但尚未公告授予专利权的发明专利申请案卷，只能查阅和复制该专利申请案卷中直到公布日为止的有关内容。这一规定不利于技术传播，影响公众及时获得专利审查过程信息和对专利审查工作进行监督。
(六) 关于第五部分第七章的修改(期限、权利的恢复、中止)
修改点：
修改后的《指南》明确对于人民法院要求专利局协助执行财产保全而执行中止程序的，专利局应当按照民事裁定书及协助执行通知书写明的财产保全期限中止有关程序;中止期限届满后，人民法院要求继续采取财产保全措施的，应当在期限届满前将继续保全的协助执行通知书送达专利局，经审核符合规定的，中止期限予以续展;同时对涉及无效宣告程序和轮候保全的中止期限要求作适应性修改。(第7.4.2节、第7.4.3节、第7.5.2节)
修改理由：
为了有效解决人民法院生效判决裁定执行难问题，2013年1月1日起正式施行的修改后的民事诉讼法，加强了对有关单位履行扣押、冻结财产等协助执行义务方面的要求，因此，对修改前的《指南》有关中止程序的规定做适应性修改。
(原标题：新修改的《专利审查指南》将于4月1日起施行)
