二、未经专利权人许可，实施专利权人的专利，除本法第六十三条第一款规定不视为侵犯专利权的情形外，都属于侵犯专利权的行为。对这种侵权行为引起的纠纷，本条规定了如下处理方式：
1.协商解决。协商解决是指发生侵权案件以后,双方当事人直接进行磋商,以达成解决争议办法的处理方式。
2.向人民法院起诉。被侵权人认为他人侵犯其专利权，不愿协商解决或者协商解决不成的，得以侵权人为被告，依照民事诉讼法的规定，提起民事诉讼。关于专利侵权纠纷民事案件的地域管辖，依照民事诉讼法的规定，应由侵权行为地或者被告所在地的人民法院管辖;
关于专利侵权纠纷民事案件的级别管理，按照《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉若干问题的意见》及《最高人民法院关于审理专利纠纷案件若干问题的解答》的规定，专利权属纠纷案件，一般由省、自治区、直辖市人民政府所在地的中级人民法院、经济特区的中级人民法院和经最高人民法院同意的开放城市的中级人民法院作为第一审法院，各省、自治区、直辖市高级人民法院作为第二审法院。被侵权人可以依照法律及最高人民法院的有关司法解释向有管辖权的人民法院提起诉讼。
3.行政处理。按照本条的规定，专利侵权纠纷的当事人如果不愿直接向人民法院起诉，以“打官司”方式来解决争议的，可以请求管理专利工作的部门处理。在此对本条的这一规定作几点说明：
(1)专利侵权纠纷，性质上属于民事纠纷，当事人协商解决不成的，通常应通过司法程序加以解决，而不应由行政机关处理。但我国专利法从我国实际情况出发，规定当事人也可以请求专利行政机关进行处理。这对于发挥专利行政机关业务熟悉、处理程序简便的优势，减少专利诉讼案件，方便当事人，是有利的。但是，究竟是直接向人民法院起诉，还是请求管理专利工作的部门处理，采用哪种方式对自己比较有利，要由当事人自己来判断，选择权在当事人，或者说是在被侵权人。管理专利工作的部门只能根据有关当事人的请求进行处理，当事人没有请求管理专利工作的部门处理的，管理专利工作的部门不能主动进行处理。
(2)可以作出本条规定的处理的机关，为“管理专利工作的部门”，按照本法第三条第二款的规定，应是指省、自治区、直辖市人民政府管理专利工作的部门;同时，按照全国人大法律委员会关于专利法(草案)审议结果的报告中的有关说明，也可以包括依法设立的有实际处理能力的市一级政府的管理专利工作的部门。
(3)管理专利工作的部门对专利侵权纠纷进行处理的依据，是法律的有关规定;进行处理的内容，主要是对是否构成侵权进行认定，并对认定为侵权的行为进行处理，即按照本条的规定，责令侵权人立即停止侵权行为。
(4)管理专利工作的部门依照本条规定作出的处理，属于行政处理，具有强制执行力。如果侵权人既不履行，不停止侵权行为，又不在规定的期限内向法院起诉的，作出处理的管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行。
(5)由于这一处理的性质属于行政处理，当事人对管理专利工作的部门作出的处理决定不服的，可以自接到处理通知之日起15日内，依照行政诉讼法的规定，以作出处理的管理专利工作的部门为被告，向人民法院提起行政诉讼。超过15日的，除有法定事由外，人民法院将不予受理。
4.行政调解。依照本条的规定，进行调解的机关，应是对专利侵权纠纷作出行政处理的同一个管理专利工作的部门;调解的内容，是侵犯专利权的赔偿数额;调解只能应当事人的请求进行;这种调解属于行政机关对当事人之间的民事纠纷作出的民事调解，不是行政处理，应由当事人自愿履行，调解不成或者达成调解协议后又反悔的，有关当事人可以依照民事诉讼法的规定，以对方当事人为被告向人民法院提起民事诉讼。
三、本条第二款就处理专利侵权纠纷中证据的提供问题分两种情况作了规定：
1.专利侵权纠纷涉及新产品制造方法的发明专利的，制造同样产品的单位或者个人应当提供其产品制造方法不同于专利方法的证明。按照这一规定，涉及本条规定的专利侵权诉讼中的举证责任，应由被诉侵权的人即被告来承担。被诉侵权的人不能提供其同样产品的制造方法不同于专利方法的充分证据的，推定其使用了专利权人的发明专利，构成了对专利权的侵犯，应当依法承担侵权损害赔偿责任。
2.涉及实用新型专利的，人民法院或者管理专利工作的部门可以要求专利权人出具由国务院专利行政部门作出的检索报告。这一规定是本次专利法修改中新增加的规定。增加这一规定，有利于处理专利纠纷的人民法院或者管理专利工作的部门准确认定事实，对是否构成侵权作出判断，依法公正处理纠纷。
