在专利技术入股的操作中需要注意如下几方面的问题：
第一，在实践中以专利技术入股的形式，包括用专利权入股的、以专利实施权入股的，还有把专利申请权也视为专利技术作价入股。根据新《公司法》第２７条的规定，我认为此三项出资形式都是可行的，但实践中对于用后两种方式入股的，还是存在较大的风险的。所以，为了减少将来不必要的纠纷，我们应该首推以专利权入股。
第二，注意以专利权入股需完成以下出资手续方可认定出资无瑕疵，首先须对专利的价值进行评估，然后专利权人依据设立公司的合同和章程到知识产权局办理专利权转移于被投资的公司的登记和著录项目变更手续，工商登记机关凭专利权转移的手续确定以专利技术入股的股东的完成股东投资义务的履行。
第三，注意专利入股的必须是专利的合法权利人。并且在我国法律对能进行股权投资的主体是有规定的，无论是国有企业，法人内设职能机构还是个人进行专利入股都是存在一定的限制。
第四，在使用专利技术入股时，还必须注意技术资料的交接和权利的移交、专利入股方的技术培训和指导、后续改进成果的权属和各方的违约责任。
第五，对于专利入股需要特别注意专利技术的可靠性。不可否认由于审批专利的审查员受专利局文献存储量的限制和可能有的工作疏忽等原因，把不具备专利条件的技术授予专利权的可能性是存在的，在加之对于实用新型专利和外观设计专利是不进行实质审查的，所以法律规定任何单位和个人都可以提出宣告专利无效的申请。一旦被宣告无效就不具备财产权的属性，就不能作为入股的技术。所以对专利进行必要的审查检索及在合同中约定无效后的处理办法是非常必要的。
有些专利权可能因没有按照规定缴纳年费等原因被依法终止，被终止的专利已进入公有领域，不需支付任何费用即可利用。用于出资，没有任何意义。
发明专利的有效期一般为２０年，实用新型专利权和外观设计专利权的期限则为１０年，均自申请日起计算。超过保护期后，专利技术就进入公有领域。因此，其余发起人应审查专利权的剩余有效期，专利剩余的有效期限越短，专利的商业价值也就越低。
若涉及专利正处在无效宣告程序中，那么在无效结果出来前，该专利权是处于极不稳定的状态，随时可能被无效后一文不值。
专利许可，包括三种方式：独占许可、排他许可和普通许可。
（１）独占许可，是指除被许可人之外，包括权利人在内的第三方均不得在许可期限内实施专利。
（２）排他许可，是指除被许可人、许可人之外，任何第三方不得在许可期限内实施专利。
（３）普通许可，是指被许可人有权在许可期限内实施专利，许可人在许可期限可以自行实施专利，也有权许可第三方在许可期限内实施专利。
因此应当事先了解专利权是否进行过专利许可，这对审查是否接受专利入股意义重大，若权利人已经对外发放独占许可或排他许可，并已进行过备案的，建议不能再接受该专利权的出资。
若是对外已经发放过普通许可，则需要评估之前的专利许可，是否会影响自己的商业利益，影响市场布局。
研究调研过程中，专利权出资的出资方和受资方普遍对当前的税负政策存在疑惑，如果按照专利价值评估额进行税费的征收，根据国发〔２０１４〕１４号、财税〔２０１５〕４１号文的规定，从２０１４年１月１日起开始，无形资产出资需要缴纳企业所得税和个人所得税，极大地限制了很多初创型科技企业的积极性。
由此，财税〔２０１６〕１０１号文第三项对技术成果投资入股实施选择性税收优惠政策规定，企业或个人可以选择适用递延纳税优惠政策，投资入股当期可以暂不纳税，允许递延至转让股权时，按股权转让收入减去技术成果原值和合理税费后的差额计算缴纳所得税，从２０１６年９月１日起执行。
