由于这项技术成果是在秦x公司总体组织下，在陕西城化公司实施完成的，因此在陕西省科技厅所发的鉴定证书上，所出现的完成单位自然为煤化所拥有股份的秦x公司以及实施单位城化公司。2003年6月，秦x公司按照公司经营宗旨，与xx碱厂签订了工业化专有技术实施许可合同一份，约定由秦x公司为xx碱厂提供年产8万吨合成氨的技术服务和核心设备，该工业化技术成果许可xx碱厂使用。
山x煤化所得知该消息后，立即以侵害其专利权为由，将秦x公司和xx碱厂列为被告，起诉到xx第二中级人民法院(以下简称xx二中院)，要求确认秦x公司与xx碱厂所签订的工业化专有技术实施许可合同无效，并要求两被告停止侵权，以维护专利权人的合法权益。
秦x公司在应诉时，向xx二中院申明山x煤化所已将专利技术投资到秦x公司的事实，并提出中止该院已受理的专利侵权的诉讼请求。同时，又以山x煤化所未履行约定义务及公司章程为由，将山x煤化所起诉至西安市中级人民法院(以下简称西安市中院)，要求确认其所投资的技术为专利技术，确认秦x公司对外销售包含该技术的设备、提供技术服务的合法性，并要求山x煤化所履行公司章程，将其已投资的专利技术过户到秦x公司名下。
xx二中院在审理秦x公司专利侵权案中，没有采信秦x公司反复申诉的山x煤化所已经将其专利技术投资到公司的事实，以山x煤化所入股秦x公司的不是专利权，而仅仅是专利技术使用权为由，于2004年3月18日判决秦x公司等侵犯了山x煤化所的专利权，同时也确认秦x公司对xx碱厂许可使用技术的合同无效。
在xx二中院做出判决后不久，西安市中院于4月30日就秦x公司状告山x煤化所专利权投资一案做出审理后，确认山x煤化所向秦x公司投资入股的“灰熔聚流化床气化过程及装置”专利技术系专利所有权，应该将专利过户到秦x公司的一审判决。
xx二中院、西安市中院的判决送达后，秦x公司、xx碱厂对此判决向xx高院、山x煤化所向陕西省高院分别提起了上诉。
