第一、劳动关系问题。在员工泄露商业秘密的案件中，首先要证明员工的向人，即被申请人或者被告与企业有劳动关系(或曾经建立劳动关系)，是企业的员工。证明劳动关系比较容易，劳动合同、工作证、工资表等均可以证明双方劳动关系。
第二、商业秘密存在。要证明存在商业秘密，首先要搞清楚什么是商业秘密。按照《反不正当竞争法》的规定，商业秘密是指不为公众所知悉、能为权利人带来经济利益、具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。这句话有这么几个意思：1、商业秘密必须为权利人掌握，不为公众知悉;2、商业秘密具有实用性，可操作或者可利用，不是虚无的理念、思想等;3、商业秘密要能为权利人带来经济利益，如果这个秘密不能为权利人创造经济效益，那么就不称之为商业秘密;4、权利人必须对商业秘密采取了保密措施，如果没有采取保密措施，而是任何人通过正当途径都可以掌握，也不能认为是商业秘密。弄清楚了什么是商业秘密，那么我们再来看哪些证据可以证明企业存在某种商业秘密。第一个重要问题是证明该秘密为企业所掌握，不为公众知悉，比较明显的如专利技术、企业独有的管理方案、服务方案、生产方式方法、财务资料等，都可以认为是不为公众所知悉。第二个重的问题是证明这个秘密能够为企业带来经济效益，要证明产生经济效益，一般可以用企业的销售发票、发货单、客户反馈、会计资料等。第三个重要的问题企业对这项秘密采取了保密措施，这个可以用企业内部文件规定，或者企业与员工签订的劳动合同、保密协议约定等等来证明。只要能解决上述的三个问题，就可以证明企业存在某种商业秘密。
第三、员工掌握商业秘密。要证明员工是否掌握某种商业秘密，一般从以下几个方面去举证：1、员工的岗位。员工的岗位决定其是否能接触到商业秘密，如技术负责人，就会接触某些特有技术、专利技术等，在这一点，一般可以通过劳动合同约定、岗位聘任书、任命文件等来证明。2、员工签收证明等，这个是最明确的，如员工借阅保密文件、或者财务资料等，都可以证明其掌握了企业的商业秘密。3、某种特定行为，如员工作为企业代理人与对方签订商务合同，那么这名员工一定会掌握该合同的全部资料、商务信息、价款、货品等情况，这一点一般可以通过发给员工的委托书或者员工在商务合同上的签字等予以证明。
第四、员工有泄露商业秘密的行为。这是泄露商业秘密类案件的核心问题，也是最难证明的一个问题。实践中，很多情况下，员工泄露商业秘密的证据并不好掌握，很多都是间接证据，很难有直接的证据证明员工泄露商业秘密。在具体案件的认定过程中，一般是通过判断接受泄露商业秘密的企业是否有利用该商业秘密进行生产经营活动来确认员工有无泄露商业秘密的行为。比如，甲企业本来并不具备生产某种产品的行为，但在掌握生产这种产品的种特定技术的a员工到该企业工作后，甲企业即生产出某种产品，即可以判定是a员工向甲企业传授了这项特定技术。在这里，作为被侵犯商业秘密的企业，需要证明两个问题，即掌握某项商业秘密的员工到对方企业工作;其次，对方企业利用该秘密完成了之前没有的生产经营活动。这里主要是证明员工与新企业建立劳动关系，如社会保险缴费记录、员工长期出入企业、证人证言等都可以证明劳动关系。而在生产经营方面，可以从对方企业的客户或者自己去以客户身份购买对方产品、服务等方式来取得这种证据。对于经营信息的泄露，可以通过证明客户的转移、销售量的不正常下降等证明。
第五、损失的确定。损失是要求侵害商业秘密的人、企业进行赔偿的重要基础，是确定赔偿额度的依据。在确定前述各项后，最后要确定的就是被侵害商业秘密企业的损失大小。但在实践中，这种损失往往不是直接损失，大多是间接损失，如合同取消、客户流失、销售里下降等，要如何证明这些损失的存在，是企业的一个重要问题。在这里，必须明确的是，损失必须是物质可以衡量的，否则就无法赔偿。诸如销售量减少这类问题，企业可以通过提供销售发票、增值税发票以及经审计的会计账簿等作为凭证，用以确定损失大小。一般来说，间接损失都无法最终作为确定的赔偿数额，在实践处理过程中，一般是进行适当的分担，如考虑市场变化、技术革新等对生产经营造成的影响，即最终处理的赔偿额度一般都会低于企业能够证明的损失最大大额。但如果员工泄露商业秘密的行为造成了客户的流失等，未造成经济损失的，则无需赔偿，只需要确定停止侵害行为。
