第一，专利与商业秘密保护的范围不同。有的可以成为商业秘密的创新成果不能成为专利；专利包括发明、实用新型和外观设计，商业秘密包括经营信息和技术信息等商业信息。商业信息基本上是不能成为专利受到保护的。
第二，取得程序上不同。专利权的取得程序冗长且复杂，尤其是发明专利需要申请，早期公开、实质审查等程序，专利行政部门授权后方可取得专利权。而商业秘密完全是自动取得的，创新成果一旦完成即具有受法律保护的商业秘密权，无需行政部门的审查与审批，也无明确的授权程序。。
第三，专有性不同。二者均具有专有性，专利的独占性极强，不允许相同的专利产品上具有两个不同的权利人存在（在先权利、先用权等除外）；但是商业秘密的独占性具有相对性，不排除其他人的善意取得，包括自行研发、反向工程等，法律均认可后者的权利。
第四，存在状态不同：专利权的取得以公开为前提，也就是说权利人必须将专利技术公开到本领域中等技术人员能够明确了解的状态，以专利申请文件的公开为方式，公开是取得权利的前提，以公开换取法律的独占性保护。而商业秘密一直处于秘密状态，这也是商业秘密的特点之一。
第五，授权的条件不同：专利的授权需要发明创造具有新颖性、创造性和实用性。而商业秘密需要的是秘密性和保密措施。一般来说，商业秘密的条件一定程度上远远低于专利权的条件（尤其是发明专利的条件）；
第六，保护的时间性不同。专利权具有严格的时间限制，发明专利为二十年，实用新型专利为十年，外观设计专利为十五年，均自申请日起计算。只有在法定的保护期间内，权利人才具有独占的权利，超出法定保护期间，专利便会变成公共财富。商业秘密并没有保护期限的限制，权利人只要能够采取得当的保密措施，则可以永远地以商业秘密的权利予以保护。
鉴于二者的区别，当企业自己的创新性成果需要予以保护时，应当选择适当的权利客体，采用契合的法律制度。一般来说，对于不容易反向工程破译，易于长期保护，技术性能相对较低的技术成果可以采用商业秘密的保护模式，采取严格的保密措施予以保护，与涉密人员签署竞业禁止协议，与交易伙伴签署合作保密协议等等。若该创新成果易于反向工程破译，技术性能较高，达到新颖性、创造性的要求，可以申请并取得专利权予以法律保护。注意申请的时效性、有效性，权利的期限性，同时，对同类产品或者技术实施严格的动态的管控制度。
总之，创新成果的不同，竞争策略的差异，权利人应当审慎做出选择，以正确地运用法律实施切实的权利保护。
