员工违反竞业限制协议应当支付的经济补偿金按协议约定办理。
根据《劳动合同法》第二十三条、二十四条规定，用人单位可以与高级管理人员、高级技术人员和其它负有保密义务的人员，在劳动合同或者保密协议中约定保密事项，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内，不得到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务，由用人单位按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
竞业限制区域、期限、经济补偿和违约金数额由用人单位和劳动者约定，但禁业限制期限不得超过两年。竞业限制没有约定的，违约金一般按实际造成的损失支付;也有的地区采用经济补偿金的3倍支付。
第二十三条用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
第二十四条竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。
在解除或者终止劳动合同后，前款规定的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。
