（1）建立科技创新的公共财政投入制度。科技创新投入来源主要有政府财政、企业、基金会、国际组织援助等。其中，政府财政和企业是最主要的投入来源。目前，我国科技投入总量偏低，特别是投入渠道、分配方式不科学不合理。要立足国情，借鉴国际上其他建设创新型国家的有关经验，完善和改进我国科技创新的公共财政投入制度。
一是通过立法规定财政科技投入占财政支出、政府支出中的比重。2006年，我国出台了《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006—2020年）》，并出台了若干配套政策，大部分省级地方政府和相关中央政府部门也出台了支持文件。但这些文件规定的科技投入政策原则性强，可操作性差。在诸如此类的文件中，要明确中央和地方科技投入占财政支出的比重。
二是优化财政科技投入的结构，重点提高四个比例。既要发挥社会主义集中力量办大事的优势，重视和保障重大专项的顺利实施，更要遵循自主创新的规律，鼓励和支持各类创新活动不断涌现，着力提高非重大专项财政投入的比例；既要支持国有大型企业的技术创新活动，更要支持中小民营企业的技术创新活动，着力提高中小企业财政投入的比例；既要支持吸引先进技术和先进装备，更要支持消化吸收与再创新，着力提高消化吸收与再创新财政投入的比例；既要支持科技成果应用和产业化，更要支持基础研究、社会公益研究和前沿技术研究，着力提高基础研究和社会公益研究等的财政投入比例。
三是创新对财政科技投入的监督制度。改革和强化科研经费管理，对科研课题及经费的申报、评审、立项、执行和结果的全过程，建立严格规范的监管制度。建立财政科技经费的绩效评价体系，明确设立政府科技计划和应用性科技项目的绩效目标，建立面向结果的追踪问效机制。此外，要改革和完善科研基地布局、人才队伍建设、政府科技计划设立、科研条件建设等方面做法，建立协调高效的管理平台，优化资源配置，使财政科技投入效益最大化。
（2）建立科技创新的税收优惠制度。税收优惠是激励企业加大科技投入、努力成为技术创新主体最好、最有效的政策。在美国研发经费中，企业的研发投入占到70％左右，主要得益于政府为其提供的优惠政策和市场竞争的需要。过去中央和地方都制定了一些促进科技创新的政策措施，要对这些政策措施进行清理和归类，结合建设创新型国家战略的实施，进行调整和完善。
一是加大对企业研发和自主创新投入的所得税前抵扣力度。允许企业按当年实际发生的技术开发费用的150％抵扣当年应纳税所得额。实际发生的技术开发费用当年抵扣不足部分，可按税法规定在5年内结转抵扣。企业提取的职工教育经费在计税工资总额2．5％以内的，可在企业所得税前扣除。
二是加快企业研究开发仪器设备折旧速度。对于企业购买的单位价值较低的用于研究开发的仪器和设备，可一次或分次摊入管理费。对单位价值较高的适当缩短固定资产折旧年限，加速折旧速度。
三是完善促进高新技术企业发展的税收政策。优先推动高新技术企业实行增值税转型改革。国家高新技术产业开发区内新创办的高新技术企业经严格认定后，自获利年度起两年内免征所得税，两年后按15％的税率征收企业所得税。对于自主创新的专利产品销售额超过50％或出口额超过25％的企业，给予相关政策优惠。同时，还要完善促进转制科研机构发展的税收政策。
（3）科技创新的知识产权保护制度。保护知识产权，就是保护自主创新企业的收益。有效的知识产权制度，是建设创新型国家必不可少的基础制度。2005年国务院成立国家知识产权战略制定工作领导小组，启动了战略制定工作。2008年国务院常务会议审议并原则通过了《国家知识产权战略纲要》。应该说，我国政府非常重视知识产权保护工作，也取得一些成就，但与经济社会发展的需求相比还存在很大的差距，既面临体制方面的障碍，也面临一些技术方面的难题，均需加以改革完善。
一是调整和完善知识产权保护行政管理体制。在我国很多领域的行政管理上存在“多龙治水”的现象。知识产权保护的行政管理方面也不例外。据统计，拥有直接管理权的部门近10个，与知识产权密切相关的管理部门有20多个，条块分割严重。因此，要深化知识产权行政管理体制改革，形成权责一致、分工合理、决策科学、执行顺畅、监督有力的知识产权行政管理体制。
二是完善知识产权法律法规体系。进一步完善版权、专利权和商标权等法律法规，特别是出台和完善其配套行政法规、部门规章、司法解释等。要加快解决集成电路、计算机软件、生物制品等高新技术的知识产权法律保护问题。
三是建立知识产权的交易、使用、保障体系和追溯制度。通过开设知识产权公共信息网络、直通热线、信息刊物等多种形式，为企业提供及时有效的知识产权信息。建立知识产权，以及商标、专利和版权等保护预警系统。建立符合我国国情的知识产权追溯制度，选择一部分条件比较成熟的地区或者企业进行试点。
四是建立与我国知识产权保护模式相对应的裁决体系。我国对知识产权的保护实行行政保护和司法保护的“两条途径、并行运作”的保护体制。如何处理行政保护与司法保护的关系，直接关系着我国知识产权保护的成效。有些学者建议建立巡回法院，用于克服司法的地方保护。我们认为，建立与地方普通法院相互独立、只接受最高人民法院领导和监督的巡回法院，有利于知识产权保护制度的落实。
应用和产业化是技术创新的重要目标，也是依靠技术提高国家产业竞争力的重要途径。
（2）坚持政策引导和扶持，弥补科技创新应用和产业化的市场失灵。科技成果转化是指“为提高生产力水平而对科学研究与技术开发所产生的具有实用价值的科技成果所进行的后续试验、开发、应用、推广直至形成新产品、新工艺、新材料，发展新产业等活动”。科技成果产业化就是要把科技成果转化为商品，这个过程包括开发、筹资、产、供、销、售后服务等多个环节。无论是研发一种产品，还是运用一项新技术，还是开发一个新渠道，都面临较大的风险，存在较大的外部性。从各国经验来看，对技术创新产业化给予政策扶持，是确保创新技术及时应用的保障。其中一个较为有效的政策，就是加大政府对新技术产品的采购力度。
我国要深入研究和认真学习国外的做法，制定《购买中国产品法》，在自由贸易原则的基础上，加大对一些重大的关键性技术的政府采购力度，推动技术创新产业化。在我国目前的发展阶段，要抛弃那种为购买产品而买产品的做法了。政府采购国内已有替代品的国外产品，必须要求国外企业有一定的技术转让，或与我国企业共同制定研究计划、共同成立研究发展中心、为本国培训人才等附加条件。
（3）坚持百花齐放，大胆探索各种科技创新产业化模式。科技创新产业化模式受很多因素的影响，不同国家或地区有不同的模式。目前我国科技转化模式主要是推动产学研的有效合作。我们认为这一思路是正确的，但是有些做法需要完善。关键是要破解产学研无法开展有效合作的症结。
一是改变自成一体的做法。科研院所、高校应该集中和发挥自身的优势，搞好科技研究工作，通过市场、政府等途径，凭借技术与社会企业，而不是与校办企业联姻。
二是改变我行我素的做法。改变这种研究与产业化脱节的做法，可用政府资助项目为平台，以政府资助费用为纽带，促进企业、企业研发（工程）中心、高校、科研院所建立更为有效的联系。对于任何政府财政资助的项目，特别是应用科学研究和技术研究项目，必须要企业和研究机构联合申报，才给予立项。
三是改变老死不相往来的做法。就是加强不同学科之间的研究机构、不同区域之间的研究机构、不同政府部门所属的研究机构、不同行业之间的研究机构的交流联系体制。对国家重点实验室、重点图书馆、重点大学资料库等资料，要扩大向公众开放的范围。（中国经济时报周天勇）
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