1978年，中国共产党十一届三中全会以后，国内开始了经济体制的全面改革，事业单位制度随着改革大潮的涌动也发生了一些以“创收”为主旋律的制度层面的变化，这种变化既有决策层的政策肯定，也有事业单位内部强烈的创收冲动。事业单位出现浓厚的泛商化倾向，普遍开展形式不同却缺乏法律规制的营利性行为。
主要表现在：第一，事业单位被允许创收，开始商业行为;第二，事业单位所在的如教育、医疗、科研、文化等行业开始允许非国有资本的进入。
1980年1月24日，中共中央、国务院发出《关于节约非生产性开支，反对浪费的通知》，其中明确规定：(1)从1980年起，国家对文教、卫生、科学、体育等事业单位和行政单位试行“预算包干”办法，节余留用，增收归己，以调动努力增收节支、提高资金使用效果的积极性。(2)一切有条件组织收入的事业单位，都要积极挖掘潜力，从扩大服务项目中，合理地组织收入，以解决经费不足的问题，促进事业单位的发展。应用科研单位和设计单位要积极创造条件，改为企业经营，不仅不用国家的钱，还要力争上交利润。
预算包干，主要是指实行全额预算管理和差额预算管理的行政、事业单位按照上级单位批准的行政工作任务、事业计划和年度预算，包干使用预算资金。年终结余和增收都留归本单位下年继续使用，不上缴财政，如有超支或短收也不补助。
鼓励事业单位创收，减少财政拨款成了当时事业单位改革的一个主旋律。例如1985年国务院发布《事业单位奖金税暂行规定》，第一条规定“为了鼓励事业单位向经济独立、经费自给过渡，使事业单位有计划地逐步提高职工的收入水平，并从宏观上控制消费基金的过快增长，特制定本规定”。
针对这些问题，财政部1988年5月对原预算包干办法进行了修定，重新制定颁发了《文教科学卫生事业单位、行政机关“预算包干”办法》，根据各类文教事业单位和行政单位机关的不同特点，规定了四种单位预算包干方式，并相应制定了四种预算包干经费的核定办法：(1)经费和任务挂钩，一年一定;(2)核定基数，比例递增;(3)包死基数，一定几年不变。这种做法的不足在于：当各种监督机制不是很健全的时候，很可能会导致个人对资源的侵吞。
1989年，经国务院批准，财政部颁布了《关于事业单位财务管理的若干规定》，明确规定了对事业单位要根据不同的情况分别实行全额、差额、自收自支三种预算管理形式，加强了事业单位的财务管理。一是将事业收入全部纳入单位预算，与国家预算拨款统一核算，统一管理;二是改革现行预决算制度，事业单位的预决算不仅要反映国家预算拨款的情况，也要反映事业单位收入情况，防止收支两张皮;三是加强事业单位收入的核算工作，准确反映组织收入活动的收益情况，防止单位增收、财政增支、虚盈实亏现象发生。
1992年《中共中央、国务院关于加快发展第三产业的决定》(中发 [1992]]5号文件)提出对事业单位的政策是：(1)实行‘谁投资、谁所有、谁受益’的原则，不能过多依赖国家投资。(2)实行企业化经营。“现有的大部分福利型、公益型和事业型第三产业单位要逐步向经营型转变，实行企业化管理。”以政府文件的形式肯认了事业单位企业化经营的行为。但是从现在的眼光看，不加细分地大规模鼓励本来以公益事业为固有职能的事业单位去创收赚钱，给社会公益事业带来不少负面影响：公权力和公益性的公共资源被商业化利用、有些行业的事业单位利用转型时期的某种垄断资源赚取超额利润、事业单位营利行为缺乏相应的法律调整等等(按照逻辑，事业单位一旦从事经营性行为，就应受到相关法律如税法、反不正当竞争法的调整，但是由于从身份上还属于事业单位，使得这些法律无法适用)。
2.事业单位所在的如教育、医疗、科研、文化、传媒等行业开始允许非国有资本的进入。例如国家出台了《社会力量办学条例》、《民办教育促进法》《中外合作办学条例》。
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