1、结果不同。权利人超过保证期间诉请权利的,法律对于权利人的实体权利不予保护,即,义务人因权利人怠于行使权力而免责,债权债务关系终止。而权利人如果在诉讼时效期间怠于行使权力的,权利人的实体权利并不丧失,其丧失的为胜诉权,即权利人的诉讼利益将无法获得法律保护,根据《民法通则》第138条规定:"超过诉讼时效期间,当事人自愿履行债务的,不受诉讼时效限制",从此法律规定可以也可以看出,权利人超过诉讼时效诉请权利的,其实体权利依然存在。
2、保证期间具有约定性和法定性,诉讼时效是法定的,不可以约定。根据我国法律规定,保证期间原则上是约定期间,可以由当事人自有协商确定,在当事人没有约定或者约定不明或约定无效时,适用法定的保证期间。而诉讼时效为法律的强制性规定,根据《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第2条、第3条规定,当事人违反法律规定,约定延长或者缩短诉讼时效期间、预先放弃诉讼时效利益的,人民法院不予支持的规定,当事人不能预先排除或妨碍诉讼时效的适用,否则其约定无效。
3、保证期限是不变期间,诉讼时效是可变期间。保证期间为除斥期间,根据除斥期间理论,除斥期间为不变期间,权利人超过除斥期间怠于行使权力将使权利义务归于消灭(《担保法》第31条),设立除斥期间的目的是为了督促权利人及时行使权利,使权利义务的不特定性归于确定,同时保障法律关系的稳定。诉讼时效与保证期间有别,诉讼时效可以因特定事由中止、中断、延长。