安徽百姓缘大药房总经理周双才认为，“虽然《目录》中的医保药品数量并不是特别多，但品类覆盖广泛，随着社区医疗机构的逐渐完善，以及‘零差率’的普遍施行，零售药店的药价和利润必然会受到相当的影响。”北京德威治大药房总经理张玉宽持相同见解：“但政策落地需要一个过程，我认为，到明年6月份左右，影响才会逐渐显现。”
而对于安徽省青阳县南街大药房的经理章小兵来说，最近在经营方面的变化并不小。“今年下半年，不少名优药品的价格都有了不同程度的上涨。”章小兵说。他介绍，以广州中一药业的消渴丸为例，现在的进货价已经涨到了15.8元/盒，而店里的销售价仅为16元，0.2元的毛利空间对于销售成本来说已经是入不敷出。而且章小兵表示，其他如云南白药等名牌产品的采购价格也均有所上扬。
中成药利润减薄可能正成为药店首当其冲面临的挑战，一位业内人士说。原材料价格上涨固然是今年中成药进价上涨的主要原因，但另一方面，进入《目录》也是其价格变得“坚挺”的原因。
该业内人士分析，今年8月份，云南白药、中一消渴丸等一些中成药以独家品种身份进入基本药物目录后，此次作为基本药物又被纳入医保《目录》的甲类部分，按照规定，进入甲类目录的药品对参保人员不设个人自付比例且各地不得进行调整，保证了基本药物的报销比例高于非基本药物。这样一来，似乎可以判断，这些药品未来将更多依赖于“医保药品”的身份开拓市场。这也就难怪它们变得更加“不屑于”与零售药店“打交道”。因为利润空间再小，药店为了人气还是要卖。只不过，“中成药是药店利润主要来源”的说法可能将越来越少地被提及了。
此外，理论上，《目录》的扩容会带来医保药品销量的增长，但是在市场总量增长的情况下，共同分享医保基金蛋糕的医疗机构和医保定点药店却喜忧不同。
以广州为例，根据8月1日实施的《广州市城镇基本医疗保险普通门诊医疗费用统筹办法（试行）》，广州市职工医保在职职工和退休人员在社区卫生服务机构及指定基层医疗机构购药可报销65%，在其他医疗机构可报销50%；灵活就业人员和外来从业人员在社区卫生服务机构及指定基层医疗机构可报销55%，在其他医疗机构可报销40%，最高报销比例均为300元/人/月。与此相比，在医保定点药店购药，划扣的却还是消费者自己账户里的钱，当然不合算。这样一来，就直接给广州的医保定点药店带来了冲击。至于非医保定点药店的处境就更不用说了，在医疗机构开药，加上挂号费后，还是比在药店买药便宜。
