本案的争议焦点在于原告A公司现在主张债权是否超过诉讼时效。根据《中华人民共和国民法通则》的有关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外;诉讼时效因提起诉讼、当事人一方提出要求或者同意履行义务而中断。本案中，双方明确约定余款在1年后付清，合同有效期限为2004年6月18日至2005年6月17日。此约定表明原告主张债权的时间应从2005年6月18日起算。
一种意见认为，B公司于2008年7月24日对超过诉讼时效期间的债务予以认可，并表示待用户给钱后就支付给A公司，该意思表示即为B公司承诺履行债务的意思表示，诉讼时效期间自B公司作出同意履行债务的承诺之日起重新计算，因此应当支持原告的诉讼请求。
另一种意见则认为，B公司在2008年7月24日与原告A公司员工的电话通话中对超过诉讼时效期间的债务予以认可，并表示待用户给钱后就支付给A公司的表示，说明B公司仅承认存在债务，而并未明确表示可是能够履行所欠货款，不能认定B公司作出了同意履行义务的意思表示。原告现在主张债权确已超过诉讼时效，应当驳回原告的诉讼请求。
B公司在电话通话中的表述是否构成同意履行债务的承诺是判定原告主张债权是否超过诉讼时效的关键事实。根据法律相关规定，诉讼时效届满后，债务人的义务成为自然债务，不受法律强制力保护。债务人可以放弃时效利益，自愿履行债务或表示同意履行债务。但债务人对时效利益的放弃，必须有明确的意思表示;在当事人没有明确的意思表示时，不能推定作出了同意履行的承诺。本案中，2008年7月24日，A公司与B公司经理樊智龙打电话催要所欠货款，樊智龙表示确实欠A公司货款，具体欠款数额需经财务对帐确认。樊智龙在电话中还有这样的表述，“他们现在给我钱我就给你们，好吗?”。从以上表述判断，B公司虽然承认存在债务，但并没有明确表示是否同意履行债务，具体何时履行债务。B公司通话内容中关于是否履行义务的表述并非明确、肯定，而且有附加条件。据此，可以认为B公司未作出同意履行义务的意思表示，诉讼时效期间未发生中断，故现A公司主张债权已经超过法律规定的诉讼时效期间，丧失了胜诉权，其诉讼请求应予驳回。
