诉讼双方的主要争议是：本案股权转让协议是否有效;如果协议有效，A公司是否支付了对价。
B公司认为，我国公司法第一百四十七条第一款规定，发起人持有的本公司股份，自公司成立之日起3年内不得转让。这里的“不得转让”不仅指形式上不得转让即不得过户，而且包括不得协议转让，即在3年期内不得协议约定3年期满后再办理过户手续。本案股权转让协议因违反该规定而无效。本案B公司所欠某上市公司和银行的债务是C公司偿还的，因此A公司没有为取得本案股权而支付对价。
A公司认为，公司法第一百四十七条第一款只是限制发起人在3年期内转让股份，并不禁止发起人在3年期内签订协议、约定3年期满后再转让，且协议约定的办理过户手续时间已在3年限转期外，因此本案股权转让协议合法有效。A公司通过C公司偿还了B公司的原债务，已为取得诉争股权支付了对价。
此外，笔者认为，公司法第一百四十七条第一款的规定并无充分立法理由。比较法上，只有我国台湾地区公司法规定“发起人股份在公司成立后一年内不得转让”，英、美、德、法、日、韩等诸国均未规定发起人所持股份在公司成立后一定时间内不得转让。有学者认为，之所以限制发起人转让股份，系基于下列理由：(1)发起人系公司最重要之原始股东，其在公司设立之后即转让其股份，将影响公司的健全发展与信誉;(2)发起人负有很重的设立责任，若任其转让股份，会影响其对公司或第三人的责任，故限制其股份的转让，以作为承担发起人责任的担保;(3)防止发起人利用假借发起组织公司为手段，以获得发起人的报酬和特别利益，形成专业的上市欺诈等不正当行为。笔者认为上述理由并不充分：第一，公司成立后，发起人的身份不再存在，其重要性与一般股东并无差异，单纯限制发起人股份转让，违背了股东权利平等原则。第二，如果发起人因过失行为而应向公司承担损害赔偿责任，公司当然可以对该发起人的一切财产求偿，不必局限于其所持的上市公司股份。再者，虽然发起人必须对公司在设立登记前所产生的债务与公司负连带责任，但公司本身为此项连带债务的主债务人。发起人向债权人清偿后，仍有权向公司求偿，因此，以发起人与公司的连带责任为依据而限制发起人转让所持上市公司股份，在法理上似属牵强。第三，至于发起人藉设立公司以谋取报酬及特别利益之问题，在公司创立大会上即可处理，自然毋庸再限制发起人股份的移转。事实上，更多学者将限制公司发起人股份转让的理由解释为“道义与诚信的观念”，而对公司法第一百四十七条第一款规定的合理性提出了普遍质疑。笔者认为，此项外国立法例上少有的对发起人股份转让的限制，并没有坚实且可自圆其说的理由作为支撑，在修改公司法时应予删除。在目前公司法尚未对此作出修改的情况下，不宜对该条款的适用作出过于宽泛的解释。
至于第二个争议即A公司是否支付了对价，在A、B公司与某上市公司、银行签订《债务承担协议》后，B公司即脱离原与某上市公司和银行的债权债务关系，某上市公司和银行对B公司不再享有请求权，而只能要求A公司偿还债务。A公司是否偿还债务，如何偿还，由谁偿还，都与B公司无关。从案件事实来看，在C公司偿还某上市公司和银行债务后，A公司再向C公司偿还了债务，因此债务最终也是A公司偿还的。B公司以某上市公司借款和银行贷款系C公司偿还为由，认为A公司没有支付对价是错误的。
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