根据《医疗事故处理条例》的规定，医疗事故中违法行为， 应当包括三层含义。第一层含义，是指医疗行为违反医疗部门规章、诊疗护理规范规定的诊疗义务。第二层含义，是指医疗行为违反了医疗卫生管理法律和行政法规规定的义务。第三层含义，是指医疗行为违反了国家法律关于保护民事主体合法权益不受侵害的法定义务。《民法通则》明文规定，“公民的身体权、健康权、生命权受法律保护，不受任何非法侵害。”违章医疗行为造成公民生命权、健康权的损害，就违反了国家法律，违反了法定义务。
医疗事故的违反义务的行为主要表现在医疗机构及其医护人员的违约行为上，这种违约行为不仅违反了双方当事人医疗服务合同的约定，并且违反了医护一方作为民事主体的对他人生命权、健康权不得侵害的法定义务，造成了他人的损害。这是因为，在医疗事故发生之前，双方当事人之间存在两种法律关系，一种是医疗服务合同法律关系，这种法律关系是相对的法律关系;—种是双方作为平等的民事主体，存在的健康权和生命权的权利义务关系，患者作为民事主体，享有健康权、生命权，医护一方作为—个民事主体，负有不得侵害的绝对义务。这后一种权利义务关系，是绝对的法律关系。医疗事故发生之后，医护一方既违反了合同的相对义务，也违反了不得侵害患者健康权和生命权的绝对义务。前者为违约责任，后者为侵害了固有利益的侵权责任，这两种责任发生了竞合。正是这种竞合的关系，才为医疗事故作为侵权责任纠纷处理提供了基础。医疗事故责任构成中的违约行为与违反绝对义务的行为的一致性，构成了医疗事故责任违反义务的行为要件的基本特点。
在医疗机构的举证问题上，由于实行两个推定，对医疗机构非常不利。因此医疗机构必须在治疗中特别注意积累证据，一旦发生纠纷，能够举出证据来，证明自己的行为与损害事实之间没有因果关系，自己在主观上没有过错。医疗机构不能证明的，就应当承担侵权赔偿责任。对于上述两种举证责任，实际上只要证明了一个推定不成立，就能够否定自己的全部责任，因为只要有一个侵权构成要件不成立，侵权责任就不能成立，就能够免除其全部赔偿责任。
不过，值得研究的是，实行两个推定，加重了医疗机构的举证责任，使医疗机构在诉讼中处于极为被动的局面，可能导致过分扩大医疗机构的赔偿责任，而且医疗机构最终还是要将赔偿转嫁到广大的患者身上。因此，应当慎重适用举证责任倒置原则，防止医疗事故赔偿的扩大化。
过失行为和后果之间存在因果关系，这是判定是否是医疗事故的一个重要方面。虽然存在过失行为，但是并没有给患者造成损害后果，这种情况不应该被视为医疗事故;而虽然存在损害后果，但是医疗机构和医务人员并没有过失行为，也不能判定为医疗事故。
