新医改方案在指导思想中提到，“坚持公共医疗卫生的公益性质，坚持预防为主、以农村为重点、中西医并重的方针，实行政事分开、管办分开、医药分开、营利性和非营利性分开。 ”读到这里，南方医院院长耿仁文心中起了疑问：医药分开具体该怎么分？分开后患者的用药安全能否得到保证？
“新方案中明确指出，"实行医药收支分开管理，探索有效方式逐步改革以药补医机制。"如何正确理解医药分开很关键，否则将对新医改方案产生严重的误读。”耿仁文说，每次对医改进行大讨论的时候，都会有人将医药分开作为重要问题抛出来，甚至有的观点认为，只要实行了医药分开，就能很好地降低患者的医疗费用。
那么，新医改方案中提出的“医药分开”应该怎样去落实？耿仁文说，“实行医药收支分开管理，探索有效方式逐步改革以药补医机制”这个工作原则没有任何瑕疵，但是，操作起来确实有一定难度。从宏观上说，这个机制实现良好运行的重要前提是政府法定投入必须到位，医疗技术劳务价格必须回归。
“单从经济利益去考量医和药的关系，是不科学的，随着医学科技的发展，药物与医疗技术、药学和医学、药师与医师之间的联系越来越密切了，两者只要有业务联系，就客观地存在着经济联系。”耿仁文认为，社会上有些人总认为现实中的医德医风方面的问题，尤其是个别医生拿回扣的事，只要医药分开了，这个问题就能解决。事实上没有那么简单，关键是如何加强科学监督，坚决地制约和惩戒发生在医和药之间的违规行为。
“关于医药分开，有的地方采取的是药房托管模式，对于这样的形式，我并不看好。”耿仁文认为医院的药房托管实际上是医药公司零售业务的变身和延伸，这种表面上的转化只是利益的转移，并没有改善医院药学服务的核心内容，“我们的改革，不能只看到经济利益的平衡和博弈，更应该着眼于患者的根本利益，否则，将颠倒主次，本末倒置。药物是人类防治疾病的重要武器之一，临床药物的科学使用凝聚了科技人员，包括医师、药师和其他医务人员的心血和智慧。但用药有风险，必须有监控。”
事实上，在酝酿新医改方案的这些日子里，也有业内人士认为，应该取消医院的门诊药房，只保留住院部的药房和急诊药房。对于这种提法，耿仁文认为没有多少意义，甚至弊端更多，即使患者到院外药店买药，也不能从根本上切断医和药之间的经济联系，实际上只是利益的转移，这样会给监督带来更大的困难，患者更不可能从中受益。
“至少现在谈取消门诊药房还为时过早，我们医疗卫生事业还没有发展到那一步。”耿仁文认为，首先是基层医疗卫生服务包括城市的社区和农村三级医疗卫生服务网络的服务能力需要大幅提升，让群众在看病时首选基层医疗机构，小病能在社区解决；其次是院外药店规范化发展到一定程度，从业药学人员业务素质提高，足以胜任一般疾病的用药指导。还有形成配套的监管办法等等。
“基层医疗机构和院外药店的技术提高，大医院门诊患者量自然就会减少，大医院就应把主要精力用在解决疑难危重病和医学科研以及高质量人才培养上。当然，这其中的很多事情都是由市场发育到一定阶段自然选择的结果。”耿仁文说，现在大医院门诊量每日人满为患，人为地取消门诊药房，将带来难以想象的用药安全隐患，这太令人担忧。
