很长时间以来，医疗事故鉴定与司法鉴定谁更适用的争论，似乎从来没有停止过。全国人大法工委《关于对法医类鉴定与医疗事故鉴定关系问题的意见》指出：“医疗事故鉴定的组织方式与一般的法医类鉴定有很大区别，医疗事故鉴定的内容也不都属于法医类鉴定。”
鉴定的主要法律依据有区别医疗事故鉴定的依据是《医疗事故处理条例》及医疗卫生管理法律法规等，而司法鉴定依据的是《司法鉴定程序通则（试行）》及相关法律法规和规章。
鉴定的性质有区别医疗事故鉴定根据《条例》的相关规定，具有三种性质，即由医患双方同时申请的鉴定具有仲裁性质；由卫生行政部门委托的鉴定具有行政性质；由各级人民法院委托的鉴定具有司法性质，而司法鉴定的性质具有唯一性，那就是司法性质。
鉴定的范围有区别医疗事故鉴定只涉及医疗行为是否构成医疗事故且不包括非法行医。而按照《关于司法鉴定管理问题的决定》的精神，司法鉴定包括法医类鉴定、物证类鉴定、声像资料鉴定等。
鉴定的程序有区别医疗事故鉴定的程序在《医疗事故条例》和《医疗事故技术鉴定暂行办法》中有明确的规定，其鉴定的每一步程序都有法可依。而司法鉴定中唯一与医疗事故鉴定内容有交叉的法医临床鉴定的程序，迄今为止没有专门的法规对其进行规范。
尽管医疗事故鉴定与司法鉴定有较大的区别，但两者是可以互补和兼容的，如进行尸检、文检必须由做司法鉴定的机构承担，医疗事故争议涉及伤残等级的鉴定，也需要法医参加。所以，最好能出台一部专门的法律或规范，从根本上解决争论问题。
其一是法医学研究的领域和方法与临床医学明显不同，但其基础理论和专业技术与医学相同。法医参加医疗事故鉴定可以充分发挥法医病理学、临床法医学等专业特点，有助于增加鉴定结论的准确性。
其二是法医特有的社会身份，使其游离于医疗事故争议双方当事人之外，比医学专家更为超脱，尤其对确定患者伤残等级，法医参加意见，可使鉴定结论更加公正。
在医疗纠纷的处理中，认定医疗过错是关键问题，从合理性上讲，应当以医疗事故鉴定为主。
这是由于医学科学具有局限性，医疗行为必须在实践中不断探索和完善。医疗事故鉴定以医学专家为主、法医为辅，可以对医疗过错行为的判断把握得更好，有利于医学科学的进步和保障医疗安全。而且，医疗事故鉴定实行的是专家民主集中制的表决制，比司法鉴定1
～2人承担鉴定得出的结论，更能体现集思广益及客观公正的特点。笔者认为，法院审理患者仅主张民事赔偿的医疗纠纷案件，委托进行医疗事故鉴定更为合理，对鉴定不属于医疗事故的纠纷案件，法院可根据鉴定结论认定的责任程度，作出相应的赔偿判决。
目前，法院先选择医疗事故鉴定，然后再选择司法鉴定的做法，往往得到两种鉴定结果，不仅严重影响医疗事故鉴定对医疗纠纷处理的权威性和科学性，也增加了诉讼成本。应提升《医疗事故处理条例》的法律地位，让其成为处理医疗纠纷的唯一法规，避免浪费司法成本。当然，对医疗过错伤害赔偿诉讼，法院在委托进行医疗事故鉴定的基础上，专家鉴定组成员应出庭接受质证，以维护鉴定结论的公正和权威。
