由于医疗事故鉴定由专家鉴定组组长主持，并按照鉴定会程序进行。因此在每次召开医疗事故鉴定会时，应当首先确定专家鉴定组组长。
按照我国关于医疗事故鉴定的法定程序要求，专家鉴定组组长由专家鉴定组成员推选产生，也可以由医疗事故争议所涉及的主要学科专家中，具有最高专业技术职务任职资格的专家担任。鉴定会由鉴定组长主持进行。
在鉴定会召开前，首先，有医学会的工作人员，核实双方人员身份，宣读纠纷原由、抽签、收取材料等情况。之后，介绍本次鉴定会的专家组成员。最后，鉴定会由专家鉴定组组长主持，并按照以下程序进行：
(1)双方当事人在规定的时间内分别陈述意见和理由。陈述顺序先患方，后医疗机构。在对方陈述的过程中，另一方不允许发言和反驳对方的叙述。双方的陈述都是单方的叙述，不存在类似法庭辩论的情况。因此，在鉴定会上，即便是对方叙述的经过与事实出入很大，甚至对方做虚假陈述的，也不要有过激的行为。等待专家组组长许可后，再行发言。
(2)专家鉴定组成人员根据需要可以提问，当事人应当如实回答。必要时，可以对患者进行现场医学检查；通常情况下，在双方当事人各自叙述完毕，补充说明后，专家组的成员会根据各自专业的情况，针对性的提出各自的问题。在鉴定会上问及医疗机构的问题，多数集中在诊断、治疗、处置方式、用药的选择和适应症、禁忌症上。而问及患者及其家属的问题，多数集中在既往病史、现病史、发病前情况、核实医疗机构救治的经过等方面。
通常情况下，除非医疗纠纷事实十分明显，或者患者已经完全康复、患者已经死亡等情况外。医疗鉴定的专家还是比较负责的，往往都会在现场做体检。如果现场检查不能够得出结论的，会告知患者在近期内到相关的医疗机构做仪器辅助检查，并出具报告书。这些辅助检查也是“现场检查”的一部分。会归入到鉴定报告书中，作为鉴定依据。
(3)双方当事人退场。在双方当事人完成上述程序后，会告知双方当事人退场，医学会会在约定的时间内，出具鉴定报告，并告知领取的时间。在这个时间，我需要建议患者及其家属的是，在退场时，不要再向鉴定专家喋喋不休的叙述情况；在退场的同时不要与医疗机构发生口角和冲突，既然大家想通过法制的途径解决问题的，就不要通过非理性的方式激化矛盾了。
(4)专家鉴定组对双方当事人提供的书面材料、陈述及答辩等进行讨论。在这个过程中，是各个鉴定专家“闭门磋商”的过程。双方当事人都不宜介入。
(5)经合议，根据半数以上专家鉴定组成员的一致意见形成鉴定结论。专家鉴定组成员在鉴定结论上签名。专家鉴定组成员对鉴定结论的不同意见，应当予以注明。医学会参加医疗事故技术鉴定会的工作人员，会记录鉴定会过程和专家的意见。
