1、鉴定的性质不同。医疗事故技术鉴定属于行政鉴定；医疗过错鉴定属于司法鉴定。
2、鉴定的目的不同。医疗事故技术鉴定是为医疗卫生行政部门处理医疗纠纷与医疗事故提供技术服务；医疗过错鉴定是为医疗损害赔偿民事诉讼、医疗纠纷与事故行政处理引发的行政诉讼以及涉嫌“医疗事故罪”的刑事诉讼提供技术服务。
3、鉴定的决定权不同。医疗事故技术鉴定的决定权在于医疗卫生行政部门，依《条例》的规定，医疗纠纷双方当事人也可共同提请鉴定。医疗过错鉴定的决定权在司法机关。
4、鉴定的委托方式不同。医疗事故技术鉴定的委托方式有二种：一是卫生行政部门转交；二是当事人双方共同委托。而医疗过错鉴定包括两种方式。一是法院决定鉴定，由法院内的技术部门统一对外委托；二是申请鉴定，即由当事人向法院提出鉴定申请，法院同意后，双方当事人协商确定鉴定机构与鉴定人员，达不成一致的，由法院指定。
5、受理鉴定的权限不同。医疗事故鉴定只有卫生行政部门移交和当事人共同委托医学会两种方式。而医疗过错鉴定的权限却十分广泛，只要诉讼过程中需要鉴定，都可以采取司法鉴定的方式进行。
6、鉴定主体的范围不同。医疗事故技术鉴定只能由医学会组织医疗事故技术鉴定专家组进行。医疗过错鉴定则可由司法机关交由法定的鉴定机构进行。
7、鉴定主体的责任方式不同。医疗事故技术鉴定由医学会出具鉴定书，专家组成员无须在鉴定书上签名盖章；医疗过错鉴定的鉴定人需在鉴定书上签字或盖章，实行个人负责制。
