《侵权责任法》的正式实施，是否必然引起《医疗事故处理条例》的自动废止，不能简单断言。不过，笔者认为，条例是否自动废止并非当前的关键问题，而如何确定法律的适用效力，及时消除医疗事故处理条例与侵权责任法的冲突，才是司法机关面临的首要问题。
从理论上讲，法律适用的效力问题也不难解决，我国立法法明确规定了法律适用的原则。依据上位法优于下位法的法律适用原则，侵权责任法作为规定民事侵权责任的基本法律，其效力高于作为行政法规的医疗事故处理条例，因此，侵权责任法中的“一般规定”和“医疗损害责任”内容自然取代医疗事故处理条例中全部涉及民事责任的内容。至少我们可以说，侵权责任法的正式实施，医疗事故处理条例中的全部民事责任内容应当自动废止。
其实从另一方面讲，国务院的行政法规创设并详细规定有关民事侵权责任的原则和内容也是不合适的。因为按照我国2000年制定并生效的立法法的规定，民事法律基本制度与诉讼制度只能由法律规定，而医疗事故处理条例中有关事故赔偿的内容则是典型的民事法律制度，而有关医疗事故技术鉴定部分内容则属于诉讼制度，而不仅仅涉及行政管理的问题。因此，当年的医疗事故处理条例不仅混淆了民法与行政法等部门法界限，而且直接违反立法法的相关规定，被认为一直是“带病”运行。
在处理法律与条例的关系上，还涉及另一个十分重要的问题，即侵权责任法没有的内容能否继续适用医疗事故处理条例的规定。笔者的观点是，既然医疗损害责任属于民法范畴，自然不应再适用行政法规的规定，应当就此严格划清界限。至于侵权责任法相关内容过于原则和抽象的问题，应当适用最高司法机关已经制定的司法解释或者尽快制定与该法配套的全新司法解释。事实上，最高法院的相关司法解释早已取代医疗事故处理条例中的民事赔偿规定，如关于人身损害赔偿的范围和标准都已抛开了条例的规定，条例的相关内容已经被束之高阁形同虚设了。
至于《医疗事故处理条例》的未来命运，应从医疗行政管理的实际需要和进一步完善行政法律法规体系的角度上进行考量。就医疗行政管理而言，明确了医疗损害赔偿责任并不等于也明确了医疗行政责任，因为民事责任要求的前提和行政责任要求的前提有着明显的不同，构成医疗事故是医疗单位及其医务人员承担行政法律责任的前提和基础，这就要求必须保留一套行政责任认定体系，这也是加强行政管理和监督，提高整体医疗管理和疾病诊疗水平的需要。同时，医疗事故鉴定专家库的存在，也可以弥补司法鉴定机构和人员的专业技术不足，为司法鉴定和人民法院提供技术咨询。
如此以来，《医疗事故处理条例》的命运至少有两种路径可供选择：一是废止其中的民事内容而保留其中的行政管理内容，即选择性废止，这在中国立法上是有先例的，如1996年刑法修改时就保留了部分单项决定中的行政处罚内容而废止了其中的刑罚部分;二是整体废止条例，将其中的行政管理内容整合完善为一部新法规，专门解决医疗事故的预防和行政处理。从法律体系的科学、严谨、协调、统一要求而言，显然后者是一个最佳路径。
