但在例外情况下，由被告人承担。“在公诉案件中，国家工作人员被指控犯有非法所得罪的被告人，对于明显超过自己合法收入的财产来源，应当承担其财产来源合法的证明责任。”从实体法的角度看，危害行为和危害结果是犯罪构成的客观要件，学者几乎没有争议，但关于危害行为和危害结果之间的因果关系是否系犯罪构成的客观要件，在刑法理论界是有争议的。
其实，如果没有因果关系，那么所谓的危害结果就不是该案中的作为犯罪构成客观要件的危害结果。因此，肯定危害行为与危害结果之间的因果关系的成立是将危害行为和危害结果作为某一具体犯罪的法定的犯罪构成和现实的犯罪构成的客观要件的前提，故因果关系是否系犯罪构成要件不容争议。事关公民生命、自由的刑事责任的显不同于民事赔偿责任的特点决定了，民事上的举证责任倒置不能照搬到刑事案件的处理中来。
但又不可否认的，作为医疗事故罪案件的被告方，不仅掌握有处方等能反映医疗过程的充分的证据资料，而且其具有相对于检察官的绝对优势的医学专业知识，再则，事实上整个的医疗过程被告方是最清楚不过的。
因此，从诉讼经济、效率、效益、公平等原则考虑，应当让被告承担一定的证明责任，或者说，在医疗事故案件的处理中，可以适用一定的司法推定。由于控方证明损害结果不是难事，借助于专家的力量证明被告方在医疗过程中存在违规操作的行为也是可能的。因此，在控方完成这两方面的举证责任后，就可以推定违规行为与损害结果之间存在因果关系，被告方主观上存在过错。这时，被告方就有义务举证证明不存在因果关系和自己没有过错以推翻已经形成的来自控方的推定。
当然被告方的举证“只要达到优势证明程度，甚至只要有一定可信度即可影响法官的内心确信，从而动摇控方的有罪指控。”但是，控方对于被告方的上述举证的反驳还是要达到“事实清楚，证据确实、充分”的证明程度的。
