发生重大医疗过失行为的处理程序及办法如下：发生重大医疗过失行为时，医疗机构必须在过失行为发生后的12小时以内向所在地的县级卫生行政部门报告。
1、当事人协商解决中，医方是解决后7日内履行报告义务，需鉴定的由双方共同委托鉴定。鉴定费由双方协商预交和承担。争议解决前，卫生行政部门并无职责主动处理。对重大医疗过失事件，医方应在12小时内报告、卫生行政部门应组织调查，并应当进行医疗事故判定或移交医学会鉴定、鉴定费由医方负担。可见，准许当事人对重大医疗过失事件的民事责任之外的事宜自行协调解决，否定了医疗卫生行政部门的法定职责，有悖法意。
2、尽管当事人可以据此申请处理，但申请后应适用重大医疗过失行为的处理程序。当事人申请处理的，卫生行政部门应先在10日由审查，决定受理后方才判定或移交鉴定、鉴定费由申请人预交，不构成医疗事故的，由申请人承担。诚然，发生重大医疗过失事件，医方违反报告规定，患者可以申请处理。但其程序和各方职责，权利和义务却相差如此之大，难以理解。唯一导致区别的原因是医患双方存有争议和不论医患双方有无争议，医方履行了报告义务。医方违法不报告，其义务还更少。于理不通。据此，我们认为当事人申请处理的争议，可能属于重大医疗过失行为时，不应按申请处理程序进行，它不属于申请处理程序的范围。报告的重大医疗过失行为一样是推断属于医疗事故，还需判定或鉴定，这和医疗双方对重大医疗过失行为有争议一样。因医疗机构不报告而适用申请程序是没道理的。
3、它同样应适用诉讼优先原则，即凡诉讼中可能处理的问题，卫生行政部门不处理或终止处理。但责令医方采取救治措施、对违反报告义务行为的处分等行政专有职权仍应履行。诉讼优先，明文规定适用于当事人申请处理争议的情形。似乎因重大医疗过失行为的报告而启动的行政处理程序不应终止。但这势必导致对同一问题，不同国家机关同时认定，这是不适宜的。另一方面，医学会对法院已受理的事故鉴定，明文规定不受理，这势必导致卫生行政部门可能根本无法处理。我们认为，因报告而启动的行政处理程序，除专属于行政职权处理的事宜外，应终止处理。
