1、客观方面不同。前者在客观方面表现为，违反国家有关医疗管理的法律、法规的规定，非法行医，情节严重的行为。后者在客观方面表现为，医务人员在合法的诊疗护理过程中，违反规章制度，严重不负责任，造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的行为。
2、主体不同。前者的主体是不具有医生执业资格的人，而后者的主体是已经取得医生执业资格的医务人员。
3、主观方面不同。前者对行为人造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康后果，所持的心理态度既可以是过失，也可以是间接故意，但对于违反医疗管理制度的行为，则是直接故意。后者对造成严重不良后果所持的心理态度只能是过失。
4、从前提上说，非法行医以该诊疗行为不得为之为前提，医疗事故以该医疗行为可以为之为前提。
5、从民事责任承担说，非法行医中由行为人或其所属单位承担，医疗事故则由医疗机构承担。
6、从赔偿性质和范围说，非法行医致人损害是一般民事侵权赔偿，其赔偿的项目从法律规定看富有弹性，并且其计算标准与时间或作原则性规定或不予限制。医疗事故性质上也是侵权，但其赔偿的项目、标准、时间均有严格限制，有维护医疗机构得以执业的立法意图。应当指出，在举证责任上，医疗事故实行举证责任倒置原则，即医疗机构不能证明其医疗行为与损害后果之间没有因果关系及不存在医疗过错，则医疗机构应承担责任。
