第一，更具有专业性。仲裁具有专家裁断的优点是诉讼所缺乏的。这也是医疗纠纷仲裁的科学性明显优于医疗诉讼之处。众所周知，医疗纠纷常常涉及深奥的医学知识和复杂的技术性问题。而掌握系统、深厚的医学专门知识的法官又寥若晨星，在审理医疗纠纷案件中自然难以深入探究，其公正性多少会受到影响。而医疗纠纷仲裁有效克服了法院在审理医疗纠纷案件时专业知识的局限性，由具有专业知识的医学专家、法学专家、医院管理专家等组成的仲裁庭来裁决医疗纠纷案件，更能体现法规的权威性，从而避免了双方当事人之间在听审技能上的技术缺陷，是更科学、更合理地裁决医疗纠纷的重要保证。
第二，快捷、经济。一裁终局有效克服了医疗纠纷久拖不决、搅闹医院正常秩序等现象。此外，仲裁收费一般比诉讼费用低，因此医疗纠纷仲裁还能为纠纷当事人节省费用，减少讼累。
第三，具有更好的保密性。仲裁制度重视对当事人秘密的保护，对于医疗纠纷案件来说，这种保密性对医患双方都有利。由于医疗纠纷案件常常涉及患者的隐私，公开的审理，往往使患者及家属处于尴尬境地。医方出于社会影响考虑，也不希望公开审理医疗纠纷案件。而医疗纠纷仲裁一般以不公开审理为原则，仲裁的整个程序和裁决都不公开，仲裁机构成员和仲裁员以及当事人负有保密义务。整个仲裁过程很少受到外界干扰，医患双方在自愿、保密环境下，没有通常在公开审理中经常表现出来的激烈对抗，容易促使矛盾顺利解决。这显然有利于减缓医患矛盾和冲突，有利于公正审理、解决医疗纠纷。
2002年《医疗事故处理条例》颁布实施以来，医疗事故纠纷有了新动向，其中"医疗事故民事赔偿纠纷解决方式"相关规定的增加，一方面反映了患者权益保护的社会呼声日益强烈，同时，也表明完善现行医疗纠纷解决方式刻不容缓。
根据《条例》第46条，医疗事故纠纷的解决途径有3种，即协商和解、行政调解和民事诉讼。调查显示，《条例》实施后，在医疗纠纷的最终解决方式中，协商和解占83.31%,行政调解占6.2%,诉讼解决占10.48%.可见，医患双方之间的协商和解乃是主要途径。但是，当事人双方协商解决方式存在先天缺陷，而行政调解也存在卫生行政机构纠纷处理与司法审查程序处理和公正与效率协调兼顾等关系问的矛盾问题，由此较大地削弱了行政调解的作用。调查结果中行政解决所占比例可以很好地说明问题确实存在。
