1、责任前提即依据事实基础不同。医疗违约责任以当事人间存在的合同关系为前提，而医疗侵权责任是医疗机构在医疗活动中其行为构成侵权为依据，因此医疗违约责任不需要有损害事实的存在.只要医疗机构有违约行为就应承担责任，而医疗侵权责任则一般要有损害事实存在作为承担责任的基本事实基础。
2、归责原则和举证责任不同。一般违约责任是一种无过错责任原则，即只要构成违约就要承担责任.而侵权责任一般适用过错责任原则，即必须以医疗机构存在过错作为其承担责任的必要条件。在违约之诉中，患者对合同的成立并生效负有举证责任，如果在治疗过程中发生合同的变更、解除、终止等情形，由主张该情形发生的一方承担举证责任。医疗侵权之诉目前我国法律采取了举证责任倒置，即患者只需证明基本医患关系和损害结果的存在，而由医疗机构对医疗行为与损害结果之间不存在因果关系及不存在医疗过错承担举证责任。
3、诉讼时效不同。医疗违约之诉的诉讼时效，适用《民法通则》第135条的规定，即两年的普通诉讼时效，而医疗侵权之诉的诉讼时效按照《民法通则》第l36条的规定适用一年的特殊时效。
4、诉讼管辖不同。医疗违约之诉是合同之诉，按照《民事诉讼法》的规定可以适用约定管辖，在没有约定的情况下一般由被告住所地法院管辖，而医疗侵权之诉则主要是由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。
5、承担责任的范围和方式不同。医疗违约责任的责任范围在于赔偿财产责任，承担方式是实际履行、违约金责任，财产损害赔偿等。医疗侵权责任不仅可以是财产责任，也可以是非财产责任，承担责任的方式也相对广泛，包括赔偿损失、消除影响恢复名誉、赔礼道歉等形式。
