⑴ 综合处（企、事业改革处）的职能 ①研究制定医药企业改革的政策措施；②推进国有企业改革，建立现代企业制度；③指导国有企业扭亏、解困、减员增效和实施再就业工程；④推进直属事业单位改革，使其在3年内走向社会、进入市场、减少补贴、减员增效；⑤负责医药行业开办外商投资企业的审查工作；⑥负责医药行业专项资金的管理；⑦负责组织制定药品、医疗器械储备计划和储备品种目录；⑧负责灾情、疫情、军需、战备药品及器械的紧急调度；⑨负责中央级国家医药储备资金的监督管理工作，指导省级医药储备工作；⑩负责新闻宣传工作；负责司内业务综合工作及人事工作。
⑵ 规划发展处的职能 ①研究制定医药行业发展战略、行业中长期规划和经济技术政策；②实施"科教兴药"战略，制定行业科技发展规划；③促进技术创新、技术进步和结构调整，指导产、学、研结合，引导资源合理配置；④对开办生产、经营企业和重要的仿制产品定点进行备案审查；⑤负责制定医药行业利用外资政策并适时进行调整；⑥配合有关部门做好医药行业投资项目、对外交流、经济技术合作及政策、法规的专业把关和协调工作。
⑶ 行业管理处的职能 ①汇集、分析医药行业生产、经营动态，发布医药行业经济技术和市场信息，负责组织制定行业管理规章；②培育发展和完善医药市场体系，协调工商企业生产经营重大问题，指导各种经济成分的医药商品流通活动，维护行业公平竞争秩序；③指导中药材生产；④负责编制重要医药商品（毒麻药品、精神药品、麝香、甘草等）的产销计划并进行监控；⑤协调重要医药商品的进出口工作；⑥负责全国性药品、医疗器械交易会的管理；⑦负责医药设计行业管理工作；⑧负责医药行业管理人员培训工作；⑨负责联系各医药行业协会。
⑷ 医药信息统计处的职能 ①负责医药行业各专业统计工作；②制定或适时修订各专业统计制度并组织实施；③负责医药行业经济技术统计信息的汇总、分析工作；④制定医药行业信息化建设的规划方案并组织落实；⑤指导行业信息网络建设，负责医药行业。
