随着我国医改试点的成功，医改的成功经验正在不断地向其它地区传播，在医疗改革过程中医疗诊所和医院实行办公自动化、病历电子化的转变，对于电子病历进行医疗数据转换是一个非常重要的问题。所有转换过程不是一成不变的，因为医疗诊所可能需要两种截然不同的转换。通常我们所见到的旧数据转换有两种方法，批量扫描转换、手工录入转换。
批量扫描转换，就是将纸质病历扫描为图像文件以保留原始病历。这些扫描文件将被保留在电子病历中，但是将来并不会提供个人检索数据字段。由纸质病历向图像数据转换有很多好处，不用考虑整合新数据库与不匹配的病历信息。输入旧信息时可能会被锁定或者需要手动设置不同的标准和关系，使这些信息很难与电子数据正确匹配。基于图像格式的文件有以下缺点：将原有数据保存为PDF文件后，个人数据将无法电子化，并无法纳入到诊所的统计中。而想要查询这些文件进而获得信息报告则是难上加难，甚至根本无法实现。如果你想知道病人五年前是否接收过某种疫苗注射，可能还是需要手动查找这些PDF文件，而不是查找“预分类”。
手工录入转换，就是将以前的纸质病历，通手工把旧病历的数据输入到新上线的电子病历系统中，虽然手工转换这个工作非常单调乏味，耗费较长时间，但是可以借此机会整理全部文件，清除不再就诊或已经搬家的患者病历。在此过程中，还可以建立新的病历，而无需体验因为使用不同架构导入数据带来的压力。例如，纸质儿科医生办公系统的图表可能以家族为单位进行管理，而不是以个人为单位管理。在新的数据库中这些图表的分类可能又会有所不同，因为在新数据库中病人分类的主要依据是他们的社会保险号(Social Security Number，SSN)。
两种方法各有优点，前者转换时间短，扫描文档保存数据不容易被修改，但是不利以后医学研究和日常搜索查询。后者转换时间长，数据保存在数据库里可以建立相关字段索引，为今后的医学研究和日常数据的统计查询提供了方便。
