在做到“广覆盖”的同时，政府也在尽力做到增加补助，以完成2008年新农合财政补助标准翻一番的要求。截止到目前，全国有12个省(区、市)人均筹资水平达到或超过100元，它们分别是东部地区的北京、天津、辽宁、上海、江苏、浙江、福建和广东及中西部地区的安徽、重庆、青海和新疆。未达到100元筹集水平的省份都将在2009年至少提高到100元。
毛群安解释说，原本新农合的人均筹资水平是50元，其中政府筹资40元，农民个人筹资10元。现在要求翻一番，政府筹资和农民个人筹资分别增加到80元和20元。由于考虑到各地农民缴费的情况不一样，中央提出，筹资达到100元的目标可以在今年一步到位，也可以延迟到 2009年再把农民个人筹资的10元增加到20元。因此，有一些省份目前还未能达到100元的目标。
此外，各地还明确提出，在搞好大病统筹的同时，合理划出一部分新农合基金，用于开展门诊统筹，增强新农合的吸引力。多数省份还合理调整起付线，探索实行保底补偿，扩大慢性病门诊补偿种类。
目前，全国大部分省(区、市)都已实现参合农民在县内定点医疗机构住院医药费用即时结报。毛群安介绍，各地还尝试进行了农村医疗救助与新农合的衔接，同时在控制医疗机构药品和医疗服务价格方面，也做出了一定的安排。
不过，据记者了解，虽然新农合取得了以上的成绩，但仍存在不少问题。例如，新农合在运行中存在管办不分现象，有些乡镇新农合办公室就设在卫生院，院长兼任合医办的主任，无法履行监督职责。公立医疗机构的运行机制、医疗机构定点准入的管理制度还不完善，医疗机构和农民在趋利心理之下，时而发生不合理用药的现象。而对于医疗机构在新农合中的违规行为应如何处罚，目前仍缺乏相关的法律进行规定。
同时，新农合保障水平较低，也影响了部分农民参合积极性差。有研究者初步估算，参合农民住院的实际补偿比例仅达到50%左右，同城镇相比仍有较大差距。管理新农合也需要庞大的经费，而这些经济压力由县财政承担往往十分困难。
毛群安表示，卫生部下一步将会同有关部门加快关于新农合经办机构设置和编制配备的研究，推动各地新农合经办机构的规范建设，并不断完善新农合基金监管措施。
