近年来，个性化的靶向治疗药物和体外诊断手段都成我国生物技术发展的方向，但是如何实现高投入下的高回报，已经成为生物技术公司最头疼的问题。
通常情况下，如果是产品的运营问题，基本上可以在特定的利益相关群体内部得到解决，由于个性化医疗颠覆了医保和医院的利益格局，因而改变激励结构和调整利益相关者之间的关系可能会显得加复杂。
不少医疗保险方面的分析师认为，个性化医疗能大幅降低医疗费用，并帮助保险机构为最需要的患者提供服务。然而，大医疗保险机构和社保部门在投资个性化医疗方面行动迟缓。
保险机构的管理者表示，医保资金缺乏进入个性化医疗的意愿可能是因为以下几个原因：首先，很难确定哪些诊断试验真正会节省医疗费用；其次，由于认为很难跟踪早期试验阶段和实验性试验，因此担心即便个体试验的花费不是很多，但最后的总费用可能会高得离谱；第三是担心难以执行标准协议，以确保医生根据试验结果对病人进行适当的治疗；第四，试验信息可能被滥用，尤其是在调查和开发的早期阶段，这可能会对病人造成伤害；最后，没有相应的纵向会计系统，可以让保险机构从近期的试验中获取远期费用的节约情况。
这样的问题已经在一些个性化药物上得到了验证。例如，华法林、曲妥珠单抗或伊马替尼，尽管其对于特定患者有治疗效果，但如果这种药物不能给大部分参保人节省费用或带来效益，那这些药物是缺乏成本效益的。
再如，预测乳腺癌风险的BRCA1试验可以为每位确诊的病人节省大约2.5万美元。但BRCA1基因突变在普通人群中很罕见，而这项试验的人均花费高达3000美元，因此，只有在对那些有乳腺癌家族病史的病人进行这项试验时，它才具有药物经济学上的成本效益。
而商业保险公司更担心个性化医疗的客户流失率较高，这使保险机构在采用个性化医疗的问题上更加谨慎。
根据保险偿付方式，如果商业保险机构为那些降低晚年疾病发生风险的预防性医疗诊断试验买单，由于诊断比真正的治疗便宜很多，保险公司在经济上会不太合算：因为费用的支付方是现在这家让病人做检查和进行干预的保险机构，收益却归于以后疾病真正发生时为病人提供治疗的政府主办的医保资金。
业内专家认为，对于医院来说，现在基于治疗程序的赔付制度也为个性化医疗的广泛应用带来了阻碍。
经济效益让一些个性化医疗试验对医疗服务提供者有激励，另一些则没有激励。与减少治疗程序数量的试验相比，医生更有可能喜欢那些会增加治疗程序数量的试验。 例如，一项个性化诊断能够发现高风险结肠癌病人的概率比现有方法高3倍，它也许就非常符合胃肠病学家的利益，因为一名病人与这项分子诊断技术有关的终生价值在2000美元左右。其他一些试验可能不赔不赚，或者从微观经济角度来说是不利因素。例如，OncotypeDX是一种基于基因的乳腺癌诊断试验，用于评估患者从化疗中获益的可能性，这项试验减少了医生采用化疗进行治疗的病人数量，从而减少了这些病人带来的医疗收入。
而完全相反地是，从制药公司和生物技术公司的经济效益角度来看，新产品上市后，只有通过提高价格和市场份额来创造更大价值。尽管这样配套诊断技术可以创造巨大的潜在商业效益，但风险也很大，因为配套诊断将可医治的患者人群分成几个子群体，所以可能会降低市场份额。因此，这类技术最有可能为较晚的市场进入者，在具有极大的定价灵活性的情况下，凭借激烈的价格竞争在市场中创造价值。
类似罗氏这种开发诊断仪器和生命科学工具的公司支持着广泛多样的试验种类，包括配套诊断（通常与生物科技或制药公司合作）、早期诊断、疾病复发和监测试验以及遗传风险标记分析等。然而，诊断技术开发企业却一直很难获得其创造的全部价值。
无论制药业多么艰难，其规模和利润都比个性化诊断好得多。举例来说，诊断试验估计影响着60%～70%的治疗决策，但只占医院成本的5%和医疗保险支出的2%。
对于医保部门，如果想把保障重点转向更注重治疗效果、以病人为中心的话，就能激励医生使用合适的个性化医疗诊断技术，并根据诊断结果来治疗。不过，为了这个目的，医保经办部门还应努力制定一项确保医生就试验本身获得补偿的制度。
