对于论述医改重要性、紧迫性和艰巨性的第一部分内容，收到的网络意见并不统一。
网民“老百姓”留言认为，这部分内容过分强调困难，为推卸责任打下伏笔，显得诚意不足。
另一位网民“熊鹰”则作出了“高度概括、言简意赅”的八字评语。
同日，中央电视台某新闻栏目质疑方案专、绕、涩、大、空，感觉看不太懂文件内容。
任伟对此回应说，目前得到的反馈中正面信息居多，因为医改的内容专业性比较强，有些术语是为了表达的准确，所以让老百姓觉得不太明白，他们也希望把复杂的方案内容，通俗地向老百姓解释，并计划通过答记者问、邀请专家解读等方式，借助媒体对公众进行“科普”。
文风之外，亦有专家批评方案态度不明确、重点不突出、前后矛盾。
医改方案对争议较大的政府主导还是市场主导的问题，给出的表述是“政府主导与发挥市场机制作用相结合”；对政府投入补贴给患者（补需方）还是补贴给医院（补供方）的争论，拿出的意见是既补供方也补需方，等等。
有评论认为，征求意见稿为了平衡各方的不同意见，把不同机构的医改版本中某些截然相反的意见全都涵盖在内，“既要政府主导也要市场化、既要补供方也要补需方，而很多方面其实是不可能并存的。”
杜乐勋则支持对这种重点、难点问题暂时搁置的态度。他认为，多种模式共存，可以互相比较互相学习，让实践去检验其客观效果。
相比之下，征求意见稿关于坚持公共医疗卫生公益性的主张未见异议。这被视为医改的灵魂。围绕这条主线，医改的指导思想、基本原则和总体目标的文字论述，无论是在发改委网站的意见征集处，还是在媒体对专家学者的访问中，都几乎没有出现有分量的负面评价。
基于此，特别是感觉“这个方案目标设定合乎民意，改革的难点和问题找得比较准，对解决措施有系统、全面的阐述”，中央党校经济学教研部副教授李蕾对医改方案评价较高，认为它堪当“全面、综合、稳妥”的评语。
所谓“全面”，指医改方案用13000多字对医疗卫生改革的目标和基本框架作出全方位阐述，涉及公共卫生、医疗保障、医疗服务和药品供应等内容，多管齐下。
所谓“综合”，是指“兼收并蓄”前期多种方案的意见，对争议部分暂时搁置。
所谓“稳妥”，指医改方案更多的还是原则性意见，没有涉及具体的可操作性的内容，给未来的改革试验留有空间。李蕾认为，这也符合卫生部在2008年卫生工作会议上将本年度定位为医改试点年的思路。
李蕾在2007年主持了中央党校经济学部课题“中国医疗保障机制改革研究”。她告诉本刊记者，现有方案表现出5大亮点：
第一，正式明确政府出资在提供公共卫生和基本医疗服务中的主导地位。
第二，主张医疗保障体系的“全覆盖”，现有的三种医疗保障制度有望在未来实现“三合一”。
李蕾说，近年来医疗保障的扩面工作进展很快，医改方案也对扩面工作提出了具体要求，特别值得一提的是，方案提出在逐步提高筹资水平的前提下，未来最终实现城镇职工医保、城镇居民医保和新型农村合作医疗三种保障制度的并轨。“果真能实现这一点，那将是人人享有平等的医疗卫生服务上的重大突破。”
