“方案最大特点是调和了各方意见。”一位参与医改政策制定的有关专家对分析，公众之所以“看不懂”，在于方案以捏合方式出笼，各利益主体在方案里各写一段，以求各自诉求都有所体现。
因此，在医改专家们看来，方案内容前后矛盾、某些改革思路模棱两可。同时，医改的关键性体制改革路径尚未清晰。
其中，如何管办分立？如何改革以药补医机制？如何规范公立医院运行机制等与公立医院改革等医疗服务体制方面的改革，并未给出明晰方向。甚至，在方案前后表述不一致，也令业内感到困惑。
“最重要的部分是要把‘管办分开’明晰出来，不然，很难有公平的监管环境。”10月25日，在由全国工商联召开的“深化医药卫生体制改革”座谈会上，亿仁投资集团主席孙启银称，方案对如何管办分开语焉不详，给地方操作留下了很大口子。作为民营医院代表，孙启银希望通过全国工商联渠道，向医改协调小组反映“要对关键性医改领域给出明晰的政策安排。”
与此同时，医改专家们也看到，医疗服务体制改革方面中的另一个话题，即“如何构建医疗市场格局”，在方案中也出现前后模糊的表达，如“公立医疗机构为主导、非公立医疗机构共同发展的办医原则”和“形成投资主体多元化、投资方式多样化的办医体制”，两种不同口径的表述令人无所适从。
“如果是公立为主导，意味着非公立医疗机构为辅，这和鼓励社会资本进入医疗市场的指导思想又是相违背的。”北师大医改方案执笔人、北京大学政府管理学院教授股昕表示。
不仅是关键性改革环节没能给出政策路径，而一些比较明确详细的写入医改方案的政策措施，也引来相关方的质疑。
其中，争议最大的是新方案中对建立基本药物制度的制度设想。
按照该设想，国家统一制定和发布国家基本药物目录，按照一定原则。为了保证“基本药物”能够生产和使用，于之相应的生产体系，基本药物制定统一价格，由国家实行招标定点生产或集中采购，直接配送，并采取“强制”措施规定各级医院使用。
对此供应体系，各方质疑为“准统购统销”模式，担心这种回归计划色彩的改革思路将带来更多体制弊病，而“基本药物”究竟能解决多少看病难、看病贵问题，也存在疑问。
“新医改方案存在重新调整的可能性。”上述医改协调小组人士表示，鉴于各方对方案争议颇大，征求意见后方案有可能做出新的调整。“即便是卫生部门内部，对方案也存在着不同看法，一方认为局部调整即可，另一方认为需要重新进行大的修订。”
