虽然医改给中医带来了难得的机遇，但是由于内外多种主客观原因的限制，中医发展困境重重。第一是教育和人力资源方面的问题。上世纪80年代，我国有5000余位著名中医。现在则骤减至不足500位，一项对32所中医院校的调查显示，中医院校的学生1/3的时间在学习西医，外语计算机等公共课程又占近1/3时间，而历来被中医称为四大经典的课程不断被删减，甚至成为选修课。很多中医研究生都读不懂古代文献，中医科研花费巨大的人力、物力和财力，却不能转化为生产力。与此相对的是名中医一号难求，供需处于严重的不平衡状态。但更重要的是：没有真正的教育和传承中医将会失去生存和发展的根本。
第二是中医经济效益的问题。经济问题被认为是制约中医发展的最主要因素，主要表现为中医服务项目少且定价低。国家中医药局对全国一定规模的特色中医院统计表明，中医院门诊服务中，中医和中西医结合的门诊量占总门诊量的80%左右，但中医医疗收入却只占45%左右。中医医疗服务收入与其服务提供量明显不成比例。单纯的草药由于附加值低，在市场经济中中医药机构的效益难以实现，呈现出一种“市场失灵”的状态。因为不赚钱，不管是医院还是医生都不太愿意开中药，他们更愿意向病人推荐一些昂贵的进口药及高科技设备。
据了解，财政部在2001年出台的《关于完善城镇医疗机构补偿机制落实政策的若干意见》里，明确要求“调整服务价格时，要考虑和照顾中医、民族医的特点，以促进中医、民族医的发展”，但目前的实际情况仍然是中医服务价格偏低，无法合理补偿中医的医疗服务。
第三是政策方面的障碍。长期以来中医一直得不到相关部门的重视，甚至卫生部的高级领导对中医也有不少偏见。目前中国现有的医疗体系虽然是中西医并存，但西医占据绝对的主导地位，而中医处于严重的边缘化境地。
此外，对于中医的相关政策，不仅不能促进中医发展，反而因为没有考虑中医的特殊性而产生遏制的效果。例如有规定说，中医大夫在用中医药急救中若出现死亡，会受法律制裁；而西医按西医方法急救出现死亡，却没有任何责任。这严重限制了中医大夫抢救病人的积极性，也使行之有效的中医急救方法现已消亡殆尽。总而言之，中医院校教育制度、中医治疗收费制度、中药价格制度、中医科研评审制度、经费投入短缺等很多方面都是在限制而不是在发展中医药。虽然现在国务院和各级政府都说要重视中医药发展，但政策文件中多只有一句话——“要发挥中医药的作用”，但如何发挥中医药的作用，没有具体可操作的执行方法。
第四是社会特别是城市居民和一些高级知识分子对中医的误解。目前人们对待中医的态度普遍比较极端，不能像看待西医那样以平和公正的态度来看待西医。要么认为中医包治百病，要么认为中医根本没有效果。而且第一类人在碰到一点不满意后就会很快转变为第二类人。很奇怪，大家可以接受西医越治越坏或治死人，但却不允许中医出一点差错，甚至连治疗之后虽然无效却没有加重病情的情况也成为中医不科学的例证。
慧聪邓白氏研究认为，过度崇拜西方文化与目前中国传统教育缺失密切相关。中国的传统文化是中医的基础，也是中国人自立于世界的基础。不懂中医不可怕，可怕的是打着“科学”的旗号，否定自己的过去，没有自己独立的思想，只承认一个标准。
第五是中医研究落后的问题。几十年来，不仅圈外人轻视中医文化，就连中医界自身也不重视中医基础理论的研究与掌握。现在，除极少数知名中医对传统中医文化有较厚实的功底外，绝大多数中医师的纯正中医文化基础严重不足。照此下去，再过10到20年，传统中医文化将只存在于典籍之中，没有人真正理解和掌握了。与之相反的是，国外尤其是日本对中医的研究蒸蒸日上，远远超过中国。
慧聪邓白氏研究认为，中医目前受到的不公正的待遇追根究底是因为我们错误用西医的标准来衡量中医。然而，中西医之间存在很大的差异，中医把身体当做一个多维平衡生态体系来研究，而西医则把身体当做承载生命的机器来研究。因而用西医标准评价中医，就好像根据体积来确定不同物体的质量一样：偶尔可能正确，但绝大多数是不恰当的。
如今，中医在其发源地中国备受争议，一贬再贬，而在国外却备受欢迎，这一现状难道不值得我们反思与警醒吗？如果中医药在我们这代人手中失去传承，那么很可能我们的后人将以高昂的代价，从外国人那里去赎回原本由中华民族发明的中医中药。
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