1、在自行协商中，若当事人协商解决的民事权利争议依其性质应当适用诉讼时效的，则自行协商无论是否达成和解协议，“协商”这一行为本身可以作为引起原纠纷诉讼时效中断的事由;若协商解决的债权已超过诉讼时效期间，则债务人可行使诉讼时效届满的抗辩权而拒绝接受协商;若债务人对超过诉讼时效的债务经协商自愿出具欠条或达成履行债务的付款协议的，视为债务人自愿放弃时效利益，根据最高院《关于超过诉讼时效期间当事人达成的还款协议是否应当受法律保护问题的批复》的规定[⑦]，该付款协议属于受法律保护的新的债权、债务关系，诉讼时效重新计算，债务人不履行该协议的，债权人可诉请法院强制其履行
2、在民商事仲裁中，根据仲裁法第74条规定，法律对仲裁时效有规定的，适用该规定，法律对仲裁时效没有规定的，适用诉讼时效的规定。可见，在民商事仲裁程序中，除法律对仲裁时效有特别规定外，得适用诉讼时效。在劳动、人事争议仲裁中，劳动法第82条规定，提出仲裁要求的一方应当自劳动争议发生之日起六十日内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请;《人事争议处理暂行规定》第12条也规定，当事人应当在人事争议发生之日起60日内，以书面形式向仲裁委员会申请仲裁。由于现行法规对申请劳动、人事争议仲裁的期间作了具体规定，故在劳动、人事争议仲裁程序中不适用诉讼时效。在农村土地承包仲裁中，《农村土地承包法》第51条第2款规定，因土地承包经营发生纠纷的，当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。该条规定有两个特点，一是未规定申请仲裁的期间;二是农村土地承包仲裁不是诉讼的前置程序。我们认为，鉴于农村土地承包经营纠纷实行“或裁或审”制度，除非法律另有规定，在农村土地承包仲裁中应当适用诉讼时效，否则，会陷入就同一纠纷申请仲裁得到裁决支持而提起诉讼因时效期间届满被判决败诉的尴尬境地，进而破坏各部法律之间的协调性。
3、在行政裁决中，根据《城市房屋拆迁管理条例》规定，在城市房屋拆迁管理部门对拆迁补偿安置的裁决程序中，在该行政裁决作出前，房屋不会被拆迁，当事人的权利未受到侵害，故对该争议的裁决不适用诉讼时效。根据《土地管理法》等自然资源法的规定，对土地、水流、森林、山岭、草原、荒地等自然资源的所有权或者使用权归属争议，当事人协商不成的，由有权行政机关裁决，在该裁决程序中，当事人享有的自然资源的所有权或使用权可能早已受到侵害，但自然资源的所有权或使用权属于物权，通说认为诉讼时效的客体主要为债权及债权以外财产权之请求权，物权不适用诉讼时效。故有权行政机关对土地等自然资源的所有权或使用权归属争议所作的裁决不适用诉讼时效。在治安案件中，在公安机关责令违反治安管理行为人赔偿损失或者负担医疗费用的裁决程序中(《治安管理处罚条例》第38条)，鉴于受害人就违反治安管理行为的加害人所造成的损失，即可申请行政裁决，也可不申请行政裁决而直接提起诉讼(实践中公安机关只作调解，调解不成的，告知受害人通过民事诉讼或刑事自诉附带民事诉讼途径解决)，为避免同一纠纷因选择行政裁决程序或诉讼程序的不同而可能出现截然相反的结果，在该裁决程序中应当适用诉讼时效，加害人可行使诉讼时效届满的抗辩权。
4、在诉讼外调解程序中，若调解解决的民事权利争议依其性质应当适用诉讼时效的，则调解无论是否达成和解协议，“调解”这一事实本身可以作为引起原纠纷诉讼时效中断的事由;若调解解决的债权已超过诉讼时效期间，则债务人可行使诉讼时效届满的抗辩权而拒绝接受调解或要求终止调解;若债务人对超过诉讼时效的债务经调解自愿出具欠条或达成履行债务的付款协议的，视为债务人自愿放弃时效利益，根据最高院《关于超过诉讼时效期间当事人达成的还款协议是否应当受法律保护问题的批复》的规定，该付款协议属于受法律保护的新的债权、债务关系，诉讼时效重新计算。
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