第三十五条项目承担单位应当严格按照本办法的规定，制定内部管理办法，建立健全内部控制制度，加强对专项经费的监督和管理，对专项经费及其自筹经费分别进行单独核算。
第三十六条项目承担单位应当严格按照本办法规定的经费开支范围和标准办理支出。严禁使用项目经费支付各种罚款、捐款、赞助、投资等，严禁以任何方式变相谋取私利。
第三十七条项目承担单位应当按照规定编制项目经费年度专项决算。项目经费下达之日起至年度终了不满三个月的，当年可以不编报年度专项决算，其经费使用情况在下一年度的年度专项决算中反映。项目经费决算由项目承担单位财务部门编制，于每年的4月20日前将上年度专项决算报送行业主管部门，行业主管部门审核汇总后于每年的5月20日前报送财政部。
第三十八条在研项目的年度结存经费，结转下一年度按规定继续使用。项目因故终止，项目承担单位财务部门应当及时清理账目与资产，编制财务报告及资产清单，按程序报送行业主管部门。行业主管部门组织进行清查处理，剩余经费（含处理已购物资、材料及仪器、设备的变价收入）收回行业主管部门，由行业主管部门按照财政部关于结余资金管理的有关规定执行。
第三十九条专项经费形成的固定资产属国有资产，一般由项目承担单位进行管理和使用，国家有权调配用于相关科学研究开发。专项经费形成的知识产权等无形资产的管理，按照国家有关规定执行。
专项实施中所需的仪器设备应当尽量采取共享方式取得。专项经费形成的大型科学仪器设备、科学数据、自然科技资源等，按照国家有关规定开放共享，减少重复浪费，提高资源利用效率。
项目承担单位应当建立规范、健全的项目科学数据记录和报告制度，按照行业主管部门的要求及时上报项目有关数据。
