仓单质押担保的效力范围包括其所担保的债权范围和仓单质押标的物范围。关于仓单质押所担保的债权范围，我国现行法上并无明确的规定，但《担保法》第81条规定：“权利质押除适用本节规定外，适用本章第一节的规定。”而该法第67条规定：“质押担保的范围包括主债权及利息、违约金、损害赔偿金、质物保管费用和实现质权的费用。质押合同另有约定的，按照约定。”因此，仓单质押自应当准用该条之规定。
据此，仓单质押所担保的债权范围，除仓单质押合同另有约定外，应包括主债权及利息、违约金、损害赔偿金、质物保管费用和实现质权的费用。这里有疑问的是，质物的保管费用是否属于仓单质押担保的范围。在动产质押中，质物的保管费用是质权人在占有质物期间，为保管质物所出去的必要费用。但在仓单质押中，由于转移占有的并不是仓储物，而只是仓单。而一般地说，保管仓单无须支出费用。所以，在一般情况下，仓单质押所担保的债权范围并不包括质物的保管费用。当然，如果质权人将仓单委托他人(如委托银行等)保管而需要支出一定费用的，该费用的支出只要是合理的，也应属于仓单质押所担保的债权范围。仓单质押标的物的范围即为仓单，当无疑义。
如前所述，仓单本身并无多大意义，有意义的是记载其上的财产权利，因为仓单与记载其上的财产权利是合为一体，不可分割的，故而仓单设质之后质押担保标的物范围限于仓单并无不妥。另外，依《合同法》第390条的规定，仓储物的保管人对入库仓储物发现有变质或其他损坏，危及其他仓储物的安全和正常保管的，除催告存货人或者仓单持有人做出必要的处置外，在紧急情况下，保管人可以做出必要的处置。保管人对仓储物的处置多为将其变价，从而保管仓储物的代位物。由此若该仓单已经设质，则该权利质权仍存在于该代位物上;如果仓储期间届满存货人或者仓单持有人没有提取仓储物，则保管人有权将仓储物依法提存，于此情况下，仓单质押的效力仍存在于该提存物上。质言之，如果仓储物有代位物或者提存物的，则仓单质押的效力仍及于该代位物或者提存物。同时，如果仓储物生有孳息的，则仓单质押的效力也及于该孳息。
