债权凭证制度的出台曾一度被认为是医治“执行难”的良方，但是由于本质上存在的缺陷，先天不足，它的弊端在实施不长时间内就暴露出来，主要体现在以下几个方面：
一是债权凭证制度缺乏法律依据。不管是《中华人民共和国民事诉讼法》还是《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定(试行)》均无债权凭证的规定或有关精神。债权凭证制度是一种案件终结执行的制度。《中华人民共和国民事诉讼法》第二百三十五条规定，案件执行终结类型有：申请人撤销申请的;据以执行的法律文书被撤销的;作为被执行人的公民死亡，无遗产可供执行的;追索赡养费、抚养费、抚育费案件的权利人死亡的;作为被执行的公民因生活困难无力偿还借款，无收入来源，又丧失劳动能力的;人民法院认为应当终结执行的其他情形。而债权凭证是在当事人双方权利义务尚存在的情况下仅是被执行人暂无履行能力的情况下发放的，不符合权利义务根本消灭的特征。
二是与中止执行的有关规定相冲突。债权凭证制度与《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定(试行)》对关于中止执行的规定相冲突。《执行规定》第102条明确规定，“被执行人却无财产可供执行的”应裁定中止执行，第104条又明确规定，“中止情形消失后，执行法院可以根据当事人的申请或依职权恢复执行。”而债权凭证制度也正是针对这种“确无财产”的情况而设立的。许多法院在发放债权凭证后裁定“终结本次执行程序”。根据有关规定“终结本次执行程序”可视为结案，那么，与其性质相同的中止执行也应视为结案。如果我们能够对中止执行制度加以改革，债权凭证制度就没有设立的必要。
三是债权凭证制度“终结本次执行程序”不应适用关于终结执行的有关规定。执行程序中的终结执行是指在执行程序中，由于发生某种特殊情况，在执行工作不可能或没有必要继续执行时结束本案执行程序，未得到执行的部分，人民法院也不再执行，以后也不再恢复执行。债权凭证制度中“终结本次执行程序”是通过“终结”的形式进行的“中止”，赋予“终结”可在此恢复执行的效力，赋予“中止”作为了一种结案方式 。这样，债权凭证制度的事实是终结执行的裁定书出现了混乱的状况，使终结执行的民事裁定书既包括“执行程序中俄籍”又包括“法律文书的终结”。
四是债权凭证剥夺了当事人依法享有主张利息的权利。最高人民法院关于适用《中华人民共和国民事诉讼法》若干问题的意见第293、294条规定，迟延履行期间的利息或迟延履行金自判决、裁定和其他法律文书指定的履行期间届满的次日起计算;加倍支付迟延履行期间的债务利息按同期银行贷款最高利率计付的债务利息上增加一倍。而一旦法院发放了债权凭证，原已生效判决被法院终结执行，一方当事人据以要求对方履行的法律依据被撤销，申请执行人就不能依据上述规定要求对方当事人支付利息。
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