因此，第三款应理解为以下两种情形：一是当债务人的破产财产不足以清偿破产费用时，仅清偿破产费用，并按破产费用自身构成的比例进行清偿;二是当债务人的破产财产清偿完全部破产费用后，剩余的债务人财产不足以清偿共益债务时，对共益债务按自身构成的比例进行清偿。
在实践中，第四十三条第三款应严密结合第二款确定的前置条件实行。即首先需确定破产费用的优先清偿顺序，再在此基础之上对破产费用和共益债务进行清偿。当债务人财产能够完全支付破产费用和共益债务两项费用时，不存在支付顺序的问题;当债务人财产不能完全支付破产费用和共益债务时，应当先行清偿破产费用;当债务人财产不足以支付破产费用时，各破产费用按照比例进行清偿;当债务人财产仅够清偿破产费用时，共益债务将不予清偿;当债务人的财产清偿完破产费用后所剩财产不足以清偿全部共益债务时，各共益债务按比例清偿。
如一债务人在破产过程中，其破产费用为400万元，共益债务为600万元。若破产财产总额大于1000万元时，破产费用400万元和共益债务600万元均能得到完全清偿。但若破产财产大于400万元、少于1000万元时，则将先行清偿破产费用400万元，剩余财产按共益债务的比例进行清偿。如破产财产少于400万元时，则仅按照破产费用的比例进行清偿，共益债务将不能得到清偿。
另外，该条第一款规定：“破产费用和共益债务由债务人财产随时清偿”，在实践中执行此款规定时，如何保证所有破产费用的先行受偿权存在一定的问题。按照随时清偿原则，若破产费用和共益债务在同一时间产生，此时，可以按照此条第二、三款规定按顺序和比例进行清偿，能够保证实现破产费用的先行受偿权。但若破产费用和共益债务不是同时产生，且先产生共益债务，后产生破产费用时，按照随时清偿原则，就存在先清偿共益债务，后清偿破产费用的问题。若该笔共益债务大于破产人财产，后产生的破产费用将不能得到清偿。
