一、民事诉讼法第25条规定：“合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。”可见，协议管辖约定地点也仅限于双方当事人的住所地或者合同的签约地、履行地、标的物所在地。根据合同法理论约定管辖的合同条款只对签约的双方当事人有约束力，不能约束合同双方当事人以外的人。故合同的一方当事人被并购后，该诉讼主体已不存在，约定管辖条款自动失效。合同的一方当事人与并购方的合同纠纷应适用原告就被告的原则确定管辖;属专属管辖的，则适用专属管辖条款。
二、民法通则第44条2款规定：“企业法人分立、合并，它的权利和义务由变更后的法人享有和承担。”合同法第90条规定：“当事人订立合同后合并的，由合并后的法人或者其他组织行使合同权利，履行合同义务。”笔者认为，民法通则和合同法均是实体法，不是程序法。上述条款所称的权利、义务是指实体法意义上的民事权利和义务，不含程序法意义上的诉讼权利和义务的内容。实体法意义上的民事权利和义务由合并后的法人享有和承担，但程序法意义上的诉讼权利和义务则对并购方无约束力。合同双方当事人约定管辖的条款是程序法意义上的权利和义务，对兼并企业的并购方不具约束力。
三、从法律关系的角度看，原加工合同的签约双方即A公司与C厂之间是加工承揽合同法律关系，B公司与上述加工承揽合同法律关系并无直接联系。后B公司基于兼并这一法律事实，才承继了A公司加工承揽合同项下的实体上的权利、义务，从而与C厂之间形成一个新的债权债务法律关系，后一法律关系的主体、内容与前一法律关系明显不同。由此不难看出，作为并购方的B公司与作为债权人的C厂之间的诉讼也与A公司与C厂之间的诉讼不同。显然，B公司与C厂之间理应按民事诉讼法的管辖规定重新确定案件的管辖法院。
四、根据民事诉讼法第22条的规定，一般民事案件应适用“原告就被告”的原则即由被告住所人民法院管辖。随着市场经济的发展，企业并购事务日益增多，跨省、跨地区、跨国的并购也屡见不鲜，由于兼并双方住所地不在一地，若按原约定管辖的条款内容确定管辖，既不符合民事诉讼“两便”的原则，又违背了一般民事案件原告就被告的管辖原则，对兼并方不公平，从而不利于股权和财产权的流转。
