虽然保证保险与保证存在上述诸多相似之处，但二者之间却存在本质的区别。
1、主体资格不同。保险人为特殊主体，保险人是经过保险监管机关批准享有保证保险经营权的商业保险公司。保证人为一般主体，除了《担保法》规定禁止作保证人以外的一切自然人、法人或其它组织均可作为保证人。
2、合同目的不同。保证保险合同作为一种保险手段，虽具有保障债权实现的功能，但其是以降低违约风险和分散风险为主要目的。而保证合同是以担保债权的实现为目的。
3、合同内容不同。保证保险合同是双务性的有偿合同，其内容主要是由投保人交纳保费的义务和保险人承担保险责任构成。而保证合同通常是单务无偿合同，其内容由债权人的担保权利和保证人的保证义务构成。
4、责任性质不同。在保证保险合同中，保险责任是保险人的主要责任，只要发生了合同约定的保险事由，保险人即应承担保险责任，这种责任在合同有效期未发生保险事由而消灭。在保证合同中，保证人承担的是保证责任，保证人履行了保证责任标志着合同目的的实现，若债务人履行债务，则保证责任消灭。
5、债产生的原因不同。保证保险合同为依据的保险之债不是原来已存在的债的一部分，而是独立于原债的一个新债。而以保证合同而形成的保证之债是原债的一部分，是作为主债的从债，
6、抗辩权力不同。保证保险合同作为财产保险合同的一种，既适用保险法的一般规定，也适用财产保险合同的有关规定，保险人拥有广泛的抗辩权。而除一般保证的保证人享有先诉抗辩权外，连带保证的保证人的抗辩权受到很大的限制。
7、运行方式不同。保证合同以担保主债为目的，其内容体现的是依附被担保的主债，而不追求任何经济利益为目的。保证保险合同是一种财产保险合同，是当事人之间的一种商品交换关系，保险人通过开展保险业务化解和分散商业风险，换取商业利润。
8、合同对价不同。保证保险以投保人支付相当的保险费为条件，保险费率的确定由保险人根据社会公众购买保证保险的需求情况和降低自身经营风险的需要以及保证保险的成本来确定，体现了商品交换中的经济法则。保证一般是无偿的，即使有对价存在，也是由保证人确定一个具体的数额，而且并不以追求经济利益为目的。
9、责任承担的前提不同。一般保证人承担责任的前提是债权人经判决或仲裁并就债务人的财产依法强制执行仍不能清偿，其本质是一种补充赔偿责任;保险责任则以保险事故的发生为充分必要条件，只要双方约定的保险事故已确定发生，保险公司就应当承担保险责任。
10、合同的地位不同。保险合同是独立存在的合同，它不是依附其它合同的从合同;[36]而保证合同是主合同的从合同，不能脱离主合同而独立存在。
11、承担责任的财产来源不同。保险人承担责任的财产是投保人的保费所形成的保险基金而不是保险人自己的财产，保险人只是保险基金的管理者，保险人不用自己的财产承担保险责任;[38]而保证人承担保险责任的财产是自己所有的财产。
从上述分析可知，保证保险与保证虽有许多相同之处，但两者的差异是明显的，即相同之处是次要的，非本质的;而不同之处才是主要的，本质的。保证保险是我国保险业务创新出来的一个新品种，不同于单纯的保证合同，其本质上是一种保险。尽管保证保险也是对投保人信用和履约情况向第三人做出的一种保障承诺，但它是将投保人违约情形的出现确定为一种保险事故，通过对保险条件的确定、对保险事故和免责范围的限制以及对保险责任承担方式的约定来实现对第三人的保障的。因此，保证保险是独立于保证担保之外的另一种市场保障方式，是保险公司利用本身信用优势进行产品创新的自然结果，具有本身的独立性、科学性，不能将其简单归入旧的保证担保体系。
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