新制度经济学强调的原子式产权最有效率的观点，却并没有得到产权形式发展的有力支撑。如果按照科斯定理，产权形式就只能是朝着私有化，甚至是原了式产权的方向发展，因为如果是用清晰度来衡量产权，就不可能有比自然人产权或原子式产权更清晰的产权形式。但现实却恰好相反，现代社会中的产权形式，特别是经济发达国家的产权形式，却是一条由单一产权向复合产权，从自然人产权向法人财产权发展的路径。而法人财产权比原子式产权要复杂得多，模糊得多。第一，在法人财产权内部，存在若干个自然人，甚至存在若干个组织，他们共同拥有同一产权，但个人在这一产权中占有多大份额，这既是明确的，又是不明确的，说是明确的意思是从价值上每个自然人都知道自己占有的份额是多少，而从实物形态上人们却难以划清哪一部分是谁的，而只能说这是咱们企业的。第二，法人财产权内部存在相互依赖性;根据科斯定理，产权的效率来源于自然人的积极性，经济效率只与本人的产权有联系，而与他人的产权无关。而法人财产权正好相反，法人财产权存在的前提就是财产在效用上的相互依存性，个人的财产由于存在某种缺陷总是要与另一财产结合，才能进行现实的生产，马克思说：劳动力和生产资料在分离的状态下只能是可能的生产力，只有在结合的状态下才会是现实的生产力。这有两种情况，一种情况是存在资产(资源)的专用性与生产过程复合性的矛盾。任何一种商品生产都是多种资源联合生产的，联合生产是社会化大生产的本质，单独的个人很难具备进行生产的全部资源，只有将不同的资源结合在一起才能完成一个生产过程。另一种情况是受生产规模的制约;任何一项生产都对产权有一定的规模要求，而产权要达到一定的规模就必然要超出自然人的局限，要求对不同所有者的产权进行社会整合，而产权的社会整合过程不是增加了产权的明晰度，而是产权更加模糊。第二，存在财产权的拥有与使用的非对称性;在原子式产权或自然人产权状态下，个人产权的权能没有任何流失，个人可以全权处置自己的财产。而在法人财产权的状态下，个人就有可能失去部分权利，最显著的是财产的所有权与使用权的分离，一个人或若干人可以依法支配全部法人财产，但他并不拥有企业的全部产权;大部分人拥有财产所有权，但除了收益权以外，任何个人如果没有其他人的允许就不可能处置企业财产，所以个人的财产一旦形成了法人财产权，他的所有权就不可能是完整的，当然，通过法人财产权这种形式虽然失去了部分权能，但却使保存下来的权能的效益发挥得更为充分。第三，法人财产权讲究的是内部主体间的协调，而不是市场关系中只强调主体间的竞争。为了实现这种协调人们之间就不可能斤斤计较，个人利益的增长对整体利益有很强的关联性，奉献与服从是组织存在的前提，这就要求在组织内人们之间的利益边界不可能划得那么清晰，相反，某种程度的交叉更有利于组织的稳定。由此可以看出，科斯定理的基本精神与企业法人财产权的现状是有冲突的，科斯定理信奉的是产权的清晰度，而法人财产权的基础是组织的协调，是企业内部财产边界某种程度的模糊。
那么，这是否意味着，产权的清晰与否对资源的配置效率没有影响呢?回答是，一个清晰界定的产权是提高效率的基本条件，但不是唯一条件，并且不是决定性条件。
面对科斯定理与法人财产权的矛盾与冲突，一般有三种态度。一种是根据实践的要求来丰富理论。科斯本人就曾经这样做过，在他的代表作之一《企业的性质》中，提出了一个十分常见，却往往被人忽视的问题，既然市场是有效率的，为什么还需要企业?接着他进行了独具慧眼的分析，认为用企业的方式配置资源与市场配置资源并不完全是一回事，在企业内部的资源不是采取交易的方式，还是应用行政手段配置的。因此他经过严瑾的分析做出结论，如果配置资源的组织成本少于市场交易成本，那么就可以用企业来代替市场配置资源，这就恰当地解决了企业存在的合理性问题。但遗憾的是，科斯没有把他所问的问题进一步问下去，为什么企业的组织成本有可能低于市场的交易成本呢，根本原因就在于，对于有一定规模的企业，复合产权比原子式产权更有效率。在这里可以明显看出，产权的清晰程度并不是决定效率的根本因素，一个有效率的财产权并非只有清晰度这一个条件。而科斯没有继续问下去的问题马克思早在科斯之前就明确地解决了，马克思认为，从自然人产权发展到法人财产权，是科学技术所主导的生产力发展的必然结果，科学技术在生产中的应用对生产的社会化提出了更高的要求，而自然人产权不可能适应这种要求，于是，以股份制为代表的法人财产就应运而生了。
第二种方式是用理论来裁减现实，当科斯定理与经济现实存在矛盾时，人们不是修正理论来适应进而更好地指导实践，而是让实践适应理论的需要。在中国国有企业的改制过程中就存在这种情形，本来国有企业的改制可供选择的途径很多，如企业兼并、重组、联合，以及企业内部管理方式的变革等。但在实践中某些地方却武断地排除了以上方案，而选择了私有化这一唯一形式，以一卖了之，只要产权明晰了就行，其他问题可以不去考虑，这种通过产权界定来赤裸裸地剥夺劳动者权益的做法，不仅与社会主义本质格格不入，甚至也不符合西方的民主理念。
第三种方式是理论与实践各走各的道，当科斯定理与实践存在不可解决的矛盾时，人们干脆不管这种矛盾，无视矛盾的存在，而是实践归实践，理论归理论。人们不是去解释现有的实践，而是把科斯已有的理论进行反复解读，但这种解读对理论创新可能于事无补，因为科斯在社会成本问题中讲到的那些案例，一般都是自然人之间的关系，如果讲到企业之间的关系时，他也没有将企业与自然人做出明显区别，在科斯笔下的企业其实只是扩大了的自然人，因此科斯得出的结论具有很强的限制性，如果我们继续沿着这条路径研究只会离实际越来越远。还有一些学者则是对学术界存在的意识形态倾向很反感，为了避免受到冲击，干脆就不问实践如何，关起门来研究理论本身。但经济学天生具有的经世济用的本性，决定了离开实践的研究将会使经济学失去应有的光彩，所以一个有良知的理论工作者，不仅要掌握人类创造的理论成果，而且更要有实践精神才能有益于社会。
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