立案是医疗事故罪刑事诉讼开始的标志。根据刑事诉讼法的有关规定，对于医疗事故刑事案件，应有公安机关负责立案侦查。在医疗事故罪中，常见的立案材料来源有：受害人及其家人控告、医疗单位或其他人的举报、当事医务人员的自首、卫生行政机关对涉嫌构成犯罪的医疗事故案件的移交等。
司法实践中，医疗事故刑事案件立案难的问题十分突出。由于相关法规的不健全，特别是由于医疗事故的行政处理与司法诉讼的衔接不规范，致使一些本该刑事追究的案件难以进入诉讼程序，或者在立案后案件陷入久拖不决局面。
根据刑诉法的有关规定，对专门技术问题应委托有关部门鉴定，本案中公安部门委托卫生部门鉴定，而卫生部门却拒绝接受委托，而根据1987年《医疗事故处理办法》的规定，公安部门又无鉴定权，从而使案件陷入困境。
在立法上加强医疗事故的行政处理与司法诉讼的衔接，完善医疗事故犯罪的诉讼机制是十分必要和迫切的。不应将卫生行政部门的鉴定和处理作为所有医疗事故案件的必经程序，更不应将其作为立案的先决条件。
是否有必要提起医疗事故鉴定，法院应享有主动权和机动权，可根据案件情况自行决定。对于擅离职守、见死不救等严重医疗责任事故，公安机关有权依照刑诉法进行立案、侦查和鉴定。有犯罪嫌疑的移送检察机关起诉，不构成犯罪的，再转入行政和民事处理程序。
此外，卫生行政部门有义务配合司法机关对涉嫌医疗事故犯罪案件的查处，对于所发现的案情重大、可能触犯刑法的医疗责任事故，卫生行政部门应暂时中止行政处理，及时移交司法机关处理。对于司法机关委托医疗事故鉴定的，只要符合法定条件，鉴定机构应及时组织鉴定，不得拒绝、推诿。
