五行学说在治疗上的应用，主要体现于药物、针灸、精神等疗法之中。
1.指导脏腑用药中药以色味为基础，以归经和性能为依据，按五行学说加以归类，这种归类是脏腑选择用药的参考依据。如青色、酸味入肝，用白芍，山茱萸等；赤色、苦味入心，用黄连，丹参等；黄色、甘味入脾，用甘草，白术等；白色、辛味入肺，用石膏，麻黄等；黑色、咸味入肾，用玄参，熟地等。这种归类是脏腑选择用药的参考依据。
2.控制疾病的传变运用五行子母相及和乘侮规律，可以判断五脏疾病的发展趋势，在治疗时，除对所病本脏进行处理外，还应考虑有关脏腑的传变关系。医|学教育网搜集整理《难经七十七难》：“见肝之病，则知肝当传之于脾，故先实其脾气。”就是肝气太过，木旺必克土，此时应先健脾胃以防其传变，脾胃不伤则病不传，治疗肝病则易于痊愈。应用五行生克乘侮理论阐述疾病传变规律，从而确定预防性治疗措施，防止疾病的传变。
3.确定治则和治法在确定治疗原则时，根据相生规律采取补母和泻子的方法。如滋水涵木法，即补益肝肾法，是通过滋补肾阴来养肝阴，适用于肝肾阴虚或肝阳偏亢之证；培土生金法，即补脾益肺法，是通过补益脾气来补肺气，适用于脾肺气虚证。也可以根据相克规律采取“抑强”和“扶弱”的方法，“抑强”主要用于太过引起的相乘和相侮，“扶弱”主要用于不及引起的相乘和相侮。如抑木扶土法，即疏肝健脾法，适用于木旺乘土或土虚木乘之证，如用于木旺乘土，则以抑木为主，扶土为辅，如用于土虚木乘之证，则应以扶土为主，抑木为辅。
4.指导针灸取穴在针灸疗法上，针灸医学将手足十二经四肢末端的穴位分属于五行，即井、荥、俞、经、合五种穴位分属于木、火、土、金、水。临床根据不同的病情以五行生克乘侮规律进行选穴治疗。
5.指导情志病的治疗情志属于五脏，五脏有生克关系，情志也有生克关系，临床上利用情志之间的制约关系来达到治疗疾病的目的。如“怒伤肝，悲胜怒……喜伤心，恐胜喜……思伤脾，怒胜思……忧伤肺，喜胜忧……恐伤肾，思胜恐”（《素问阴阳应象大论》）。即所谓以情胜情的治疗方法。
