中医学属于自然哲学还是自然科学，要看其所涵括的内容是属于自然科学的还是属于古代哲学的。
中医学作为一门医学科学，作为一门以研究人体的生命、健康和疾病的防治的传统医学，首先应该属于自然科学的范畴，或者说应尽快纳入自然科学的范畴之中。因此，我们应该深入研究和发展中医学中属于自然科学的部分，亦即中医学的主体部分，以科学的实验分析方法研究其理论概念的内涵和微观机制，不断创造和发现新的理论，新的观点，使传统的中医学理论体系得到发展和更新。同时将其属于人文社会科学的部分，尤其是古代哲学的思想和方法加以科学的改造，去粗取精，并吸收新的理论和方法，使其更能指导中医学理论的创新和发展。
需要说明一点，现在我们国人大多将中医学称为中国的“传统文化”，与京剧一样属于我们的“国粹”，医学界的许多人士也多附和这一说法。其实中医学在外国人眼里也多是与京剧一样的传统文化，外国留学生来我国学习中医学，也多是将其作为中国的一种传统文化来看待，并非将其作为一门医学科学来学习。这也许反映了中医学目前的窘境。我们国家是将中医学作为一门医学科学来开设的，中医院校的大学生们是学习“医学”以做医生而非为学习传统文化的。因此，我们必须要确立中医学的自然科学地位，将中医学发展为一门属于自然科学的并且兼收并蓄人文社会学和古代哲学思想精华的新的医学科学。
自然科学是指研究自然界各种物质运动、变化和发展的规律或本质的学科。中医学研究的对象是人，主要探讨人体的生、长、壮、老、已的生命规律，人体的形态结构、生理活动、病理变化以及疾病的防治规律等，因而属于自然科学的属性。
中医学认为，人体是物质的，人的生命活动是物质的运动。人体生命的产生，有赖于男女生殖之精的相结合；精是生命的本原物质，是构成胚胎的原始物质，故《素问·金匮真言论》说：“夫精者，身之本也。”人体生命活动的推进，由存在于体内的气的运动变化来维持；气是人体的一个构成部分，是运行不息以维持人体生命活动的极精微物质，是生命的动力。气的不息运动和由此引起的气化过程是生命的基本特征，气的运动及气化过程的止息，则标志着生命的终结。中医学既研究人体的形态结构，而更重要的是研究各个脏腑组织器官的机能，而各个脏腑组织器官的功能活动，又以精、气、血、津液等精微物质为基础。中医学对生命、健康、疾病防治规律的探讨，也是基于人体的形态结构和机能的物质性，基于精、气、血、津液这些精微物质的生成、运行和功能。
人生活在自然界中，还受到自然界中存在的多种物质运动变化的影响。自然界的大气为人类的生存提供了重要条件，但大气的流动变化异常，出现了异常的气候，则可引致多种物质性致病因素的产生，即所谓“邪气”。这些邪气侵犯人体，人体内的正气则奋起抵抗，由此产生了正邪相争。正气本为存在于人体内的一身之气，因其有抵抗邪气侵袭而保卫机体的作用，故与邪气相对而称为“正气”。邪正相争实际上就是两种极细微物质之间的相互作用。邪胜正则病，正胜邪则不病。
中医学还与自然科学的分支学科有着密切的关系。如《黄帝内经》在阐述人体的生命活动时，引用了大量的物候、气象、天文、地理、农学、历法等众多学科的知识。中药学的产生也与农学、植物学、动物学、矿物学、化学等有着密切的关系。
中医学具有社会科学的某些特性。社会科学是指研究人类社会运动变化和发展规律的学科。人不仅具有自然物质（生物）的属性，还具有社会属性。人生活在社会中，社会环境给以影响，常引起一些医学问题。社会环境的变更，人的社会地位、经济条件的变化，对人的心身健康亦有较大影响，常可引起某些心身疾病的发生。中医学还揭示了许多疾病的社会根源，认为社会动荡，政治腐败，饥荒战乱，经济萧条，以及不良的习俗风气，都是导致疾病，尤其是身心疾病的原因。这些都说明中医学具有明显的社会科学属性。
中医学受到古代哲学的深刻影响。哲学是关于自然、社会和思维中最一般的共同运动规律的科学。任何一门自然学科的发展都离不开哲学的作用。恩格斯曾指出：“不管自然科学家采取什么样的态度，他们还是得受哲学的支配。”中医学发祥于中国古代社会，受当时的哲学思想的深刻影响。中医学在其形成与发展过程中，不断吸取了当时的哲学成就，用当时一些重要的哲学思想和概念阐述医学自身的一系列问题。如用古代哲学的气、阴阳、五行诸学说阐释生命的起源，人体的生理病理变化的规律以及疾病的防治规律等医学问题，对中医学理论体系的形成与发展起了重要的作用。
哲学是建立在具体学科之上的，它的发展，是以其它学科的成就为土壤的。中医学的某些成就，丰富与发展了中国古代哲学思想。如中医学对精的认识，对形神关系的认识，对人体结构与功能中阴阳关系的认识，对五脏之间功能失调的五行乘侮的认识等，都对古代哲学的发展做出了贡献，丰富了中国古代哲学的内容，促进了古代哲学的发展。
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