腧穴是在中医长期医疗实践中逐步发现和形成的。最初人们是在病痛的局部“以痛为腧”进行按摩、捶击或针灸，发现了特定的治疗部位，随着对体表施术部位及其治疗作用认识的深入，逐渐形成了分属于各经络的腧穴。以《针灸甲乙经》为标志，针灸学形成了较完善的理论体系，掌握了腧穴的基本规律，不断指导针灸学的临床应用。
早在《素问》和《灵枢》就有在“背俞之脉”和“侠脊之脉”用按法的记载，但无具体推拿用穴。《肘后备急方》较早记载了具体的穴位的推拿应用，医|学教育网搜集整理在人中穴、龟尾穴和脐上三寸（建里穴）等处进行推拿，治疗卒中恶死和卒腹痛等症。其中，人中穴和脐上三寸（建里穴）分属任督二脉，而龟尾穴则是推拿特定穴位。可以说，腧穴的应用一直存在于推拿临床实践中，遵循传统腧穴的基本规律，同时由于治疗手段有别于针刺，推拿用穴有其自身的特点，长期以来缺乏系统的理论整理和总结。近年来，随着推拿学理论体系的不断完善，人们对推拿用穴特点的认识逐渐走向完善。
传统腧穴分为十四经穴、奇穴、阿是穴三类，推拿临床应用广泛。此外，尚有推拿特定穴的应用。推拿特定穴是在漫长的手法临床实践过程中逐步形成的，是传统经穴理论在推拿学科中的具体应用，其定位、归经和作用有别于传统经穴理论。推拿特定穴的形成是以小儿推拿特定穴体系形成为标志的，目前小儿推拿特定穴构成了推拿特定穴理论的主体，其形成距今已有五个多世纪，《小儿按摩经》较全面地论述了小儿推拿特定穴的定位、适用手法和功用主治，形成了独特的小儿推拿特定穴理论。后世小儿推拿特定穴在此基础上有了进一步的发展。
传统腧穴理论中，穴位的定位同针刺治疗手段相适应，精细、准确，穴位的表面形态呈点状。推拿临床，手法在施治部位（穴位）上的不断运动造成了穴位表面形态的多样化，不同推拿手法的实施，使推拿用穴具有了点、线、面甚至立体状的表面形态。穴位的表面形态实质上是手法在穴位上的运动轨迹。用接触面积较小的手法如掐法、点法等操作，穴位表面形态呈点状，是点状操作穴；用接触面积相对较大的手法如旋推法、揉法等操作，穴位表面形态呈面状，是面状操作穴；用做相对较长距离移动（直线或弧线）的手法如直推法、分推法等操作，穴位表面形态呈线状，是线状操作穴；少数穴位可用拿法等非平面运动手法操作，穴位表面形态呈立体状，是立体状操作穴。
穴位的表面形态随着适用推拿手法的不同而有变化。如在合谷穴用掐法，此时该穴位的表面形态就是点状，如果在合谷穴用按揉法，此时合谷的表面形态就变成了面状；医|学教育网搜集整理印堂、神庭穴本是点状或面状操作穴，推法应用则使印堂至神庭一线变成线状操作穴天门穴；点肩井穴是点状操作穴，按揉肩井穴则使其变为面状操作穴，拿肩井穴就使其变成立体状操作穴位。
腧穴具有诊断功用，穴位触诊在推拿临床占有重要的地位，手摸心会是推拿医生临证的基本要求。《医宗金鉴。正骨心法要旨》中“摸”法位居首位，突出说明了触诊的重要性。穴位触诊是推拿触诊的重要内容，通过穴位触诊可反映相关脏腑组织的病变证象。穴位触诊非常重视压痛点即阿是穴的触诊，痛点、结节、条索状反应物常是推拿手法施治的重点部位。
腧穴具有近治作用、远治作用和特殊治疗作用。推拿遵循这一基本规律，但在应用上又具有自身的特点。
近治作用是一切腧穴主治作用的共性，所有腧穴均能治疗其穴位所在部位及其邻近组织、器官的病症。推拿临床重视腧穴的近治作用，病变部位局部取穴常是推拿选穴的首选。如颈项痛取风池穴，腹痛取天枢穴等。同时推拿局部取穴时常用特定的推拿套路操作使邻近的局部穴位协同使用，组成了不同部位的常规套路操作。如《小儿推拿广义。推拿面部次第》载：“一推坎宫，二推攒竹，三运太阳，四运耳背高骨，医|学教育网搜集整理五掐承浆，六掐两颊车，七掐两听会，八掐两太阳，九掐眉心，十掐人中。”后世头面部的常规操作多依此变化。一指禅推拿流派的眼眶周围“∞”和面部大“∞”推，是用一指禅推法将眼眶周围、面部腧穴分别连结起来，协同使用治疗眼部和头面疾病。同时，局部取穴在治疗内妇科杂病时，常依据脏腑在体表部位的投影区相关穴位施治，近代脏腑推拿流派是其代表。
远治作用体现了十四经腧穴主治作用的基本规律，体现了中医辨证论治的思想。推拿在治疗内外妇儿伤各科疾病时均强调循经取穴，著名的一指禅推拿流派明确提出，“推经络，走穴道”，充分反映了这一思想。
某些腧穴对机体状态有着双向调整的特殊作用，如天枢穴既能通便，又能止泻，在治疗胃肠系统疾病时常用。穴位的双向调节性在推拿临床可通过在穴位表面所施手法的不同（轻重、缓急、方向等）体现出来。独特的捏脊疗法，将“脊”作为一推拿特定穴，可改善全身机能状态，在儿科推拿、成人推拿中经常使用。
同针灸一样，推拿手法也强调“得气”，对穴位的刺激强调“气至而有效”。临床得气与否是通过医生手指来感触的。《脏腑图点穴法》认为，“指下气通”是治疗的关键，其感觉是“绵绵悠悠，不疾不徐，柔和通顺”。指下气通的感觉在腹部较易触知，其他肌肉较丰厚的部位较困难，每个穴位手法操作的时间应以指下气通为度，不必拘泥定数。
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