从国家赔偿法的规定看，行政赔偿程序的最大特点就是：在引起行政赔偿程序发生的方式上，允许两种方式——“单独式”和“一并式”并存。
（一）单独式。即“单独提起”，是指行政机关及其工作人员的违法行为已经被确认，赔偿请求人仅就赔偿问题向赔偿义务机关提出请求，当赔偿请求人采取这种方式时，应符合以下两个条件：
首先，要具备“单独提起”的前提。国家赔偿法第9条第1款规定：“赔偿义务机关对依法确认有本法第3条、第4条规定的情形之一的，应当给予赔偿。第3条、第4条规范的是行政赔偿范围，即当行政机关及其工作人员的职务行为具有何种违法情形时，国家才承担赔偿责任。因此，这一款所说的”对依法确认有本法第3 条、第4条规定的情形之一“的，就是”单独提起“的前提。也就是说，因”单独提起“而发生的行政赔偿程序，必须是在行政机关及其工作的行为已经被确认为违法的基础上进行。那么，什么叫”依法确认“、由谁来确认、怎样进行确认？根据行政法律规范和行政诉讼法的有关规定，有以下几种情况：
1.作出违法行为的机关或者作出违法行为的行政工作人员所在的机关进行确认：
2.行政行为经相对人申请复议，被复议机关确认为违法，或被复议机关撤销；
3.由于相对人提起行政诉讼，具体行政行为已被法院确认为违法，或者判决撤销，且判决生效；
4.具体行政行为系终局裁决行为，被拥有终局裁决权的行政机关确认为违法。
当行政机关及其工作人员的行为通过上述途径被确认为违法后，受害人就可单独提出赔偿请求。
其次，赔偿请求人单独就赔偿问题提出请求的，应当先向赔偿义务机关提出，由赔偿义务机关进行处理。如果赔偿义务机关逾期不赔偿或者双方就赔偿问题达不成协议的，受害人才能向人民法院提起赔偿诉讼。也就是说，赔偿义务机关先行处理是“单独提起”行政赔偿诉讼的一个必经程序，赔偿请求人不能越过该“雷池”而直接向人民法院提起赔偿诉讼。究其原因，不难理解，行政赔偿责任的承担终究是要落实到具体的赔偿义务机关，设置该先行程序，可把大量的赔偿纠纷消灭在该阶段，从而减轻人民法院的负担，也给赔偿义务机关提供了一个对自己的违法行为进行及时补救的机会，是符合设立国家赔偿制度的最终目的的。
赔偿请求人对赔偿义务机关的处理不服的，可在规定的期限内向人民法院提起赔偿诉讼，人民法院应该依照行政诉讼法进行审理并作出判决。
（二）一并式。即“一并提起”，也可称为连带提起，是指赔偿请求人在申请行政复议或提起行政诉讼，要求确认行政机关行使职权的行为违法或要求撤销该违法行为的同时，一并提出赔偿请求。国家赔偿法第9条第2款规定，赔偿请求人请求行政赔偿，“也可以在申请行政复议和提起行政诉讼时一并提出。”“一并式”具有以下特点：
1.赔偿请求人将两项不同的请求——要求确认行政行为违法或撤销该行为和要求赔偿向同一个机关提出，要求并案审理。这里的“两项不同请求”应当是两项属于同一诉讼系列即行政诉讼系列的不同请求，而不是不同诉讼系列的两项不同请求。因为行政赔偿诉讼其性质仍属于行政诉讼。后者则较常发生在当行政机关依法对公民、法人或其他组织之间以及他（它）们相互之间的土地、矿产、森林等资源的所有权或者使用权归属进行处理，当事人既对该处理不服，要求人民法院予以撤销，同时又要求人民法院一并解决原权属纠纷，因此而形成的是行政诉讼附带民事诉讼。
2.“一并提起”的条件是两项请求之间存在着内在联系。这种联系表现在：其一，该行政行为违法。因为行政机关承担行政赔偿责任的条件就是行政职权行为违法。其二，受害人所受到的损害是由该违法行为引起的，两者具有因果联系。
3.赔偿请求人的赔偿请求可一并在行政复议中提出，也可一并在行政诉讼中提出，这里既包括在申请复议和起诉的同时提出，也包括在行政复议和诉讼的过程中提出，因此，“一并提起”的行政赔偿程序实际上就是适用行政复议程序和行政诉讼程序。
综上，无论是“单独提起”还是“一并提起”，解决行政赔偿责任的最终程序都是赔偿诉讼程序。其中，单独提出行政赔偿请求的，必须先经赔偿义务机关的处理。
与行政赔偿程序相比，司法赔偿程序有很大不同，其特点可以概括为以下三方面：
前已述，行政赔偿请求既可以“单独提起”，也可以在行政复议和行政诉讼中一并提起。但是，根据国家赔偿法第20条的规定，司法赔偿只能单独提起。通过对两种提起方式的分析，不难看出，“一并提起”是在同一个程序中解决两个请求，而“单独提起”却要通过两个程序才能达到同样的目的，相比之下，无论是在效率方面，还是在便于受害人行使以至实现其赔偿请求权方面，“一并提起”都要优于“单独提起”。那为什么在司法赔偿程序中不采取“一并式”，允许赔偿请求人在要求确认司法机关及其工作人员的职务行为违法的同时一并提出赔偿请求呢？这绝不是立法者们任意所作的选择，而是有其内在缘由的。主要有两方面原因：
首先，是由我国刑事诉讼中公检法三机关分工负责、相互配合、相互制约的机制决定的。在这个机制中，一方面，三机关可以相互纠正对方的错误，比如，错拘可以经检察院不批准逮捕予以确认；错捕可以经法院判决无罪予以确认；错判可能因检察院抗诉引起审判监督程序予以确认。另一方面，三机关又是分工负责，自己有权改变自己作出的决定。如检察院在逮捕公民后，可能因撤销案件、决定免予起诉或者改为取保侯审，将该公民释放，对此，人民法院无权审查检察院的决定是否正确。如果允许“一并提起”，意味着在当事人认为检察院的免予起诉、取保候审等决定违法侵权时，就可以向人民法院起诉并要求赔偿，人民法院就有权对检察院的决定进行审查并进行确认。从目前来看，这种做法缺乏法律依据，与现行刑事诉讼机制背道而弛。而行政赔偿不存在这个问题。根据行政复议条例和行政诉讼法，复议机关有权裁决撤销、变更具体行政行为，人民法院可以行使司法监督权，以判决的形式撤销违法的具体行政行为、变更我失公正的行政处罚行为，等等。因此，允许在行政复议和行政诉讼中“一并提起”赔偿请求是顺理成章的事。不存在任何障碍。
其次，是法制统一的基本要求。刑事赔偿实行的是无罪羁押赔偿原则，而认定有罪还是无罪，是依靠刑法，通过刑事诉讼程序来解决的。比如，对发生法律效力的错判，刑事诉讼法规定应当通过审判监督程序来予以纠正。如果允许“一并提起”，人民法院对当事人及其家属的申诉就必须受理，受理后就必须首先来认定原判是否有错误，这就大大破坏了现行的审判监督程序，无异于另外搞了一套程序来替代审判监督程序，极不利于社会主义法制的统一。同样道理，对司法机关及其工作人员的刑讯逼供等行为也不能“一并提起”。
总之，在司法赔偿程序中，只能通过刑事诉讼程序来确认司法机关及其工作人员的行为是否违法，在违法行为得到确认之后再提起赔偿请求。赔偿请求人“单独提起”司法赔偿也必须具备两个条件，这一点和行政赔偿是一致的，即（1）必须具备“单独提起”的前提。在单独提起赔偿请求之前，司法机关及其工作人员的违法行为已经得到了确认。（2）赔偿请求人应当先向赔偿义务机关提出赔偿请求。所不同的是，确认“违法情形”的途径和依据不一样。
1.错拘。由有权采取拘留的公安、安全等机关自己认定，或者，在公安等机关报捕后，以检察院认为既没有犯罪事实也没有犯罪嫌疑而不批准逮捕来加以认定。
2.错捕。由检察院自己确认，或者经普通审判程序宣告无罪确认。
3.错判。通过审判监督程序再审改判无罪、撤销原判来确认。
4.刑讯逼供等暴力行为和违法使用武器、警械的，由作出行为的司法工作人员所在的机关或其上级机关自己确认；由检察院依照刑事诉讼法提起公诉，或者由受害人向法院自诉，经法院判决来确认。
5.侦查机关、检察机关违法扣押、冻结、查封财产的，经该机关或上级机关来确认。
6.人民法院在刑事诉讼中违法采取扣押、冻结、查封财产等强制措施，或者在民事诉讼、行政诉讼中违法采取对妨害诉讼的强制措施、保全措施或者对判决、裁定及其他生效法律文书执行错误、造成损害的，由该机关或上级机关确认。
（二）复议为司法赔偿的必经程序。
无论是“单独提起”行政赔偿，还是“单独提起”司法赔偿，首先都必须向赔偿义务机关提出，这是两者的共性。如果赔偿义务机关逾期不赔或者与赔偿请求人达不成协议，行政赔偿请求人可向人民法院提起赔偿诉讼，而司法赔偿请求人的下一步则是向赔偿义务机关的上一级机关即上级公安机关、检察院或者监狱管理机关等申请复议，即司法赔偿多了一个复议程序，而且是一个必经程序，但赔偿义务机关是人民法院的除外。根据国家赔偿法第21条第2款规定，赔偿义务机关是人民法院的，赔偿请求人可以向其上一级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。上一级人民法院的赔偿决定就是终局决定了。
应当指出，司法赔偿复议和行政复议是两种截然不同的制度。（1）性质不同。行政复议属于行政行为的一种，而司法赔偿复议则应归入司法行为的一类。（2）处理的内容不同。行政复议所要解决的主要是具体行政行为合法性和合理性问题，司法赔偿复议是针对赔偿义务机关的处理决定是否正确而展开，仅解决赔偿问题，它不涉及司法机关及其工作人员的职权行为的合法与否。（3）救济途径不同。对不少行政复议裁决，相对人若不服可提起行政诉讼；而受害人对司法赔偿复议机关所作的处理不服不能起诉，只能向人民法院提起作出赔偿决定的请求。（4）程序不同。行政复议有着一套较为完备、独立的程序。而司法赔偿复议程序，国家赔偿法规定得很不详尽，可以说这是立法中的一个缺陷，给将来的实际操作带来了困难，这就有待于有权机关作出司法解释，并在实践中逐步加以完善。
（三）终局解决司法赔偿的程序是人民法院赔偿委员会的决定程序。
无论是行政赔偿，还是司法赔偿，终局解决赔偿纠纷的都在人民法院，但终局解决行政赔偿的是诉讼程序，而终局解决司法赔偿纠纷的程序是人民法院赔偿委员会的决定程序。根据国家赔偿法第22条，赔偿请求人不服复议决定或者复议机关逾期不作复议决定的，赔偿请求人可以向复议机关所在地的同级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定，人民法院的赔偿决定程序与行政赔偿诉讼程序不同：
1.当事人的称谓不同，赔偿决定程序中只有申请人（赔偿请求人）和被申请人（赔偿义务机关），没有诉讼程序中的原告、被告之称。
2.管辖不同。司法赔偿由复议机关所在地的与复议机关同级的人民法院，一般是中级以上人民法院管辖，赔偿义务机关是人民法院的，由其上一级人民法院管辖。而赔偿诉讼是根据行政诉讼法中有关级别管辖和地域管辖的规定来确定管辖的法院。
3.审理组织不同。赔偿决定程序实行特别的审理组织——赔偿委员会。行政赔偿案件则由各级人民法院内设的行政审判庭受理，并采取合议制，由合议庭负责具体赔偿案件的审理。
4.结案形式不同。赔偿决定程序以决定的形式结案，行政赔偿诉讼是采取判决和裁定的形式结案的。
5.采取的审级不同。在我国，凡诉讼程序（民事诉讼中的特别程序除外）一律实行两审终审制，行政赔偿诉讼自不例外。但赔偿决定程序是一次终局。
6.审理方式不同。赔偿决定程序不象诉讼程序那样实行以开庭审理为主的方式，而是采取书面审理。赔偿委员会根据双方当事人提供的材料，必要时可以进行调查、询问当事人，在事实清楚的基础上即可作出书面决定，送达当事人。
7.纠正的途径不同。在赔偿诉讼程序中，一审判决作出后，当事人双方如果不服，皆可上诉。判决生效后，还可望通过审判监督程序来纠正错判。而赔偿委员会的决定为终局决定，具有法律效力，当事人不得上诉。
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