二是确认医疗机构承担损害赔偿责任的法律适用冲突。民法通则相关条款规定“侵害公民身体造成伤害的，应当赔偿医疗费、因误工减少的收入、残废者生活补助费等费用；造成死亡的，并应当支付丧葬费、死者生前扶养的人必要的生活费等费用。”因此，有过错就应依法赔偿，而不是只有某种类型的过失造成的后果达到一定的程度才承担赔偿责任。而《条例》第四十九条第二款规定“不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任。”也即医疗过失行为虽然造成患者的人身损害，但未达到医疗事故等级或属于非医疗事故损害时，医疗机构不予赔偿。该规定显然违背我国民法的基本原则和立法精神。
三是医疗事故赔偿范围和标准存在的法律冲突。我国民法通则和最高人民法院关于人身损害、精神损害赔偿司法解释的相关条款，是对民事赔偿的赔偿范围和标准的原则规定。《条例》所规定的赔偿标准比其他人身损害赔偿标准相比，存在较大差距。如对误工费赔偿的相对数额规定了“收入高于医疗事故发生地上年度职工年平均工资3倍以上的，按照3倍计算”的上限。而司法解释没有规定上限。又如对精神损害抚慰金的补偿年限规定“造成患者死亡的，赔偿年限最长不超过6年；造成患者残废的，赔偿年限最长不超过3年”。明显低于其它司法解释规定的20年最长期限。
正确认定医疗事故损害赔偿责任的性质是法律适用的关键，也是依法裁判的关键。对于医疗损害赔偿责任的性质，理论界和实务界存在三种不同认识：第一种观点认为医疗损害赔偿责任是一种违约责任,患者与医疗机构之间是医疗服务合同关系；第二种观点认为医疗损害赔偿责任是一种侵权责任；第三种观点认为医疗损害赔偿责任属于违约责任与侵权责任的竞合。从最高人民法院《民事案件案由规定（试行）》明确规定医疗服务合同纠纷和医疗事故损害赔偿纠纷两个案由的精神来看，第三种观点比较符合医患纠纷的特殊性。侵权之诉和违约之诉在举证责任的分配、责任构成要件、免责条件、损害赔偿的原则和标准等方面有着很大的区别，选择侵权之诉更有利于保护患者的合法权益。
医疗过失行为侵害的是公民的生命健康权，是一种绝对权。依侵权行为法理论，侵权行为的归责以过错责任为原则，以推定过错责任、无过错责任和公平责任为例外，推定过错责任和无过错责任须有法律明文规定才得以适用。由于我国法律并未对医疗损害赔偿侵权责任作特别的规定，因而医疗损害赔偿侵权责任应当适用过错责任原则。依审判实践，人民法院在处理医患纠纷诉讼案件时，除主要适用《中华人民共和国民法通则》、《最高人民法院关于贯彻执行〈中华人民共和国民法通则〉若干问题的意见》、《关于确定民事侵权精神损害赔偿责任若干问题的解释》、《关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》等法律和司法解释外，还可能涉及药品管理法、献血法、医师法、产品质量法、消费者权益保护法等法律和各种管理办法、条例等行政法规。最高人民法院《关于参照〈医疗事故处理条例〉审理医疗纠纷民事案件的通知》作出了参照适用的规定。笔者认为，针对法律、行政法规和司法解释对医疗侵权责任规定的冲突，对医患纠纷案件的法律适用应当遵循三个基本原则：
第一、法律的高阶位优先适用原则。国务院《医疗事故处理条例》属于行政法规，侧重于行政管理职能。它虽然在医疗事故的预防与处置、医疗事故的技术鉴定、医疗事故的行政处理与监督、医疗事故的赔偿等方面均作了明确具体的规定，但毕竟属于卫生行政部门确认医疗事故的等级及其处理医疗事故的行政性法规，与民法通则不是特别法和普通法的关系，而是上位法和下位法的关系。最高人民法院副院长黄松有在2003年3月26日召开的全国民事审判会议上指出：“人民法院在审理因医疗行为而发生的损害赔偿案件时，要正确理解上位法与下位法之间的关系。”因此，处理医患纠纷案件在法律适用发生冲突时，应当优先适用民法通则及相关司法解释；对民法通则及其相关司法解释没有规定的，再适用《条例》的规定。
第二、特定事项范围的参照适用原则。《条例》是针对医疗事故处理的行为规范制定的专门法规，也是卫生行政机关处理医疗事故纠纷案件的行政实体法规范。根据最高人民法院的通知精神，对《条例》的参照适用范围：一是适用范围限制为医疗事故纠纷，其它医疗纠纷仍然适用民法通则；二是医疗事故纠纷可以委托医学会进行鉴定，其它医患纠纷应当委托规定的机构进行司法鉴定；三是确定医疗事故赔偿责任，可以参照《条例》关于调解、赔偿标准、赔偿范围、结算和支付方式的规定进行。依此规定，对于医疗事故的过错认定、证据规则和其它非参照适用范围的事项，仍然应当适用民法通则、民事诉讼法及相关司法解释的规定。
第三、非医疗事故的一般适用原则。根据《条例》第四十九条规定，事故等级与医护人员的主观过失为确定赔偿责任的关键因素。因此，对于非典型医疗事故的处理，特别是对不构成医疗事故，但医疗机构依照法律规定应当承担责任的非事故性医疗损害赔偿案件，应当适用民法通则及其相关司法解释的规定作出裁判。依审判实践，主要包括三种情形：一是非等级医疗事故损害赔偿，即医疗事故鉴定认定未达到规定医疗事故等级，但符合侵权行为的成立要件且具有损害后果的情形；二是非医务人员主观因素导致的医疗事故，如因医用产品质量瑕疵、或不可抗力等导致损害后果的情形；三是医务人员故意行为导致的医疗事故，如不构成刑事犯罪，则应当适用民法通则及其相关司法解释的规定，由医疗机构及其责任人承担损害赔偿责任。
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