中医生理学认为，人体正常的生命活动，是阴阳两方面对立统一协调平衡的结果。人体的生理功能，一方面表现为机体防御邪气侵袭的整体卫外功能，另一方面则表现为脏腑组织的功能活动。
从机体的防御机制来说，阳在外，为保护人体内部组织器官的卫外机能；阴在内，则为阳的物质基础，并为阳不断地储备和提供能量补充。
从脏腑功能活动来说，则五脏主藏精气为阴，六腑能消化、传导饮食水谷为阳。而每一脏腑之中又各有阴阳，凡是功能活动则属阳，而产生这些功能活动的器质和营养物质则属阴。如心有推动血液循环和主持精神意识思维活动的功能，此种功能属阳，而心血、心脏器质则属阴；肝有调节血量和精神情志的功能属阳，而肝血、肝脏器质则属阴；脾有运化水谷，输布精微，以及统摄血液循行的功能属阳，而脾的津液、脾脏器质则属阴；肺有主气司呼吸，协助心脏推动血行的功能属阳，而肺之津液、肺脏器质则属阴；肾有藏精生髓，主生殖发育，主持水液代谢等功能属阳，而肾精、肾脏器质则属阴。关于六腑，亦是如此，其功能属阳，而每一腑的器质则属阴。
对于人体整体生理上的阴阳关系，则主要强调其协调和平衡。如就人体机能状态而言，则机能兴奋属阳，机能抑制属阴；功能亢进属阳，功能减退属阴。而在生理活动中，兴奋和抑制、亢进和衰退等是互相拮抗的，并保持着相对的平衡状态。又如阳气和阴精的转化，阴精是化生阳气的物质基础，而阳气的作用又是在不断地产生着阴精，因而阳气和阴精，相互转化，相互为用，并保持着相对的平衡。故《素问》说：阴平阳秘，精神乃治。
