系统治疗主要适用于：已发生肝外转移的晚期患者；局部病变不适合手术切除、消融和介入治疗，或局部治疗失败进展；弥漫性病灶；合并门静脉主干和（或）下腔静脉癌栓者。
分子靶向治疗是当今肿瘤临床研究最活跃的领域之一。索拉非尼治疗晚期肝细胞癌的作用已经有充分循证医学证据的支持。索拉非尼联合介入治疗（TACE、DEB）或根治性治疗（肝移植、切除、局部消融）后辅助治疗的疗效有待于多中心的随机对照临床试验结果来证实。目前索拉非尼延长生存改善预后的疗效还很有限，亟需进一步探索与其它抗肿瘤治疗的联合应用，以及其它分子靶向药物治疗HCC的临床研究，形成针对HCC多信号通路的多靶点综合治疗。其他新的分子靶向药物单药或联合应用治疗肝癌的临床试验正在陆续开展。
对于无禁忌证的晚期肝癌患者，系统化疗仍不失为可供选择的治疗方法。常规的化疗药物全身治疗肝癌大多有效率低、可重复性差、不良反应明显、生存时间无改善，迄今尚无标准的化疗方案。新一代的细胞毒性药物的相继问世，推动了肝癌系统化疗的研究，多中心随机对照临床研究提示可控制病情发展，减轻症状，有望改善晚期患者的预后。
中医药治疗肝癌在我国普遍应用。中医药主要适用于肝癌的辅助治疗，可能有助于减少放、化疗的毒性，改善癌症相关症状，稳定病情，提高生存质量。在中西医结合治疗时应注意整体的攻补兼顾，根据肝癌患者的不同情况采用不同的治则。目前多种现代中药制剂用于治疗肝癌，但存在的问题是缺乏循证医学证据、规范性和可重复性差，有待大规模多中心随机对照研究，获得更有价值的结果。
一些小规模临床研究结果提示，生物治疗可提高患者的生活质量，减少术后复发率。由于缺乏大规模、多中心随机对照临床试验的循证医学证据，因此目前不推荐生物治疗作为常规治疗，但可作为辅助治疗或不能手术的一种治疗选择。
肝癌的治疗必须同时关注基础肝病的治疗。HBV/HCV持续感染是肝细胞癌发生、发展的重要因素，而抗肿瘤治疗特别是化疗、放疗、TACE和分子靶向治疗均有可能激活肝炎病毒。应注意检测病毒载量，针对患者的具体情况选用核苷（酸）类似物或干扰素，制订合理的治疗方案，及时采取有效的抗病毒治疗抑制HBV/HCV的复制和再激活，有助于改善肝功能，减少根治性治疗后的复发，控制肝癌的发生和病情进展，改善生活质量，延长生存期。
综上所述，肝癌的规范治疗涉及多个学科，需要各科医生加强交流、更新知识和观念。必须依据循证医学的原则，开展多中心随机对照研究，进行实事求是的分析和总结，以探讨有效的肝癌综合治疗模式，不断提高肝癌临床疗效。对患者的具体病情制定最佳的个体化治疗方案，各种治疗方法的合理、序贯应用，避免过度治疗或者治疗不足。同时，注意保护肝脏等重要脏器功能、改善肿瘤微环境，增强抗肿瘤免疫，延长患者生存，提高总体疗效。
