鸟-胞内分枝杆菌复合群（MAIC）感染MAIC对异烟肼（INH）及吡嗪酰胺（PZA）耐药。引起淋巴结炎时可选用三联药物：阿奇霉素（或克拉霉素）+利福布汀（或利福喷汀）+阿米卡星，治疗6个月。HIV感染患者并发MAIC引起的播散性NTM病时，可应用环丙沙星（或左氧氟沙星）+阿米卡星+利福布汀（或利福喷汀）+亚胺培南；或用阿奇霉素（或克拉霉素）+利福布汀（或利福喷汀）+氯法齐明+乙胺丁醇（EMB），疗程18～24个月。
堪萨斯分枝杆菌感染：对吡嗪酰胺（PZA）耐药，大多数对利福平（RFP）及乙胺丁醇（EMB）敏感。引起肺病时可应用异烟肼（INH）+利福平（RFP）+乙胺丁醇（EMB）治疗18个月，如菌株对其耐药可应用利福布汀（或利福喷汀）+阿米卡星+磺胺甲噁唑/甲氧苄啶（复方磺胺甲噁唑）治疗18个月。在艾滋病患者合并播散性NTM病者，可选用利福布汀（或利福喷汀）+阿米卡星+磺胺甲噁唑/甲氧苄啶（复方磺胺甲噁唑）+阿奇霉素（或克拉霉素）治疗18～24个月。
瘰疬分枝杆菌感染：体外试验对异烟肼（INH）、利福平（RFP）、乙胺丁醇（EMB）、吡嗪酰胺（PZA）、环丙沙星、阿米卡星均耐药。引起淋巴结炎，可应用红霉素（或阿奇霉素，或克拉霉素）+利福布汀（或利福喷汀）+氯法齐明治疗，疗程6个月。
海分枝杆菌感染：皮肤软组织感染可选用多西环素+磺胺甲噁唑/甲氧苄啶（复方磺胺甲噁唑）治疗；或利福平（RFP）+乙胺丁醇（EMB）治疗，总疗程至少3个月。最近研究表明克拉霉素或阿奇霉素单药治疗也可能有效。同时结合外科清创治疗。
溃疡分枝杆菌感染：该菌体外试验对利福平（RFP）、链霉素（SM）、氯法齐明敏感。引起皮肤软组织感染可选用利福平（RFP）+AMK或乙胺丁醇（EMB）+磺胺甲噁唑/甲氧苄啶（复方磺胺甲噁唑）治疗，疗程4～6周。结合手术清除。
偶发分枝杆菌感染：体外试验对多西环素、米诺环素、头孢西汀、亚胺培南、链霉素（SM）、磺胺甲噁唑/甲氧苄啶（复方磺胺甲噁唑）、环丙沙星、氧氟沙星、阿奇霉素、克拉霉素均敏感。对皮肤软组织感染以外科清除感染部位为主，同时应用阿米卡星+头孢西丁+丙磺舒治疗1个月。新大环内酯类阿奇霉素、克拉霉素也可选用。
龟分枝杆菌感染：该菌对阿米卡星、克拉霉素、阿奇霉素敏感，但对头孢西丁、氟喹诺酮类耐药。在外科清除皮下脓肿同时应用阿米卡星（或妥布霉素）+阿奇霉素（或克拉霉素）治疗，必要时可加用亚胺培南，疗程一般6个月。
脓肿分枝杆菌感染：对利福平（RFP）具有很高的耐药性，医学教|育网搜集|整理近来研究表明可能由于该菌细胞壁结构不均匀，膜通透性低下有关。可选用红霉素（或阿奇霉素，或克拉霉素）+环丙沙星治疗，疗程至少6个月。
