未签订书面劳动合同的事实劳动关系，在现实中大量存在，这不仅不利于我国劳动力市场的稳定，而且也给劳动关系主体造成诸多不利影响。具体说来有以下几方面：
由于未签订劳动合同致使用人单位的合法权益被侵害的情况现实中时常可见，所侵害的具体方面各有不同，但较为常见的有以下两种：
广州某家软件企业(A)曾打过这样一场官司：企业自行开发研制了一种市场前景非常看好，经济社会效益俱佳的软件，但在企业申请知识产权的过程中，这种软件却突然被另一软件企业(B)隆重推出并大批量上市，给A企业造成了巨大的经济损失。A企业经过周密的调查，方知原委：A企业参与此软件设计的一位主要技术人员因与公司老板发生过节，一气之下辞职离开，加盟另一家颇具实力的软件企业B，同时将在原公司研制开发的软件带到了B企业。后A企业不惜重金同B企业打起了官司，并状告这名跳槽员工，声称其违反《劳动法》中有关竞业限制的规定。但终因这名员工未与A企业签订劳动合同，没有关于竞业限制的约定条款，从而B企业没有构成不正当竞争行为，这名员工也没有违反竞业限制的相关法规而败诉。
近年来，这样的例子时有发生。外商投资企业和高科技企业尤为突出。我们正处于知识经济时代，企业竞争归根到底就是科学技术力量的竞争和人才的竞争，商业秘密在企业发展和市场竞争中的巨大作用不可忽视。商业秘密作为企业的重要知识产权，已成为企业在激烈市场竞争中赖以生存和发展的秘密武器。为了维护公平竞争，保护雇主的利益，许多国家的公司法和劳动法等法律中都有“竞业限制”的规定。竞业限制是指雇主与雇员通过合同约定，在劳动关系存续期间和劳动关系解除后的一定期内，雇员不得从事对雇主有竞争关系的工作。“竞业限制”已成为保护商业秘密的重要手段。近年来，原劳动部、国家科委等有关部门和一些地方政府在有关规定中允许劳动合同中约定“竞业限制”款。但相当一部分企业由于未与劳动者签订合同，致使企业员工“恶性跳槽”并给本企业带来巨大经济损失时因事先没有合同约定而上诉无门，从而无法保障企业自身的经济权益。
一些规模、效益不尽可观的企业中常有这种现象：新加盟的员工往往缺乏实际工作经验，企业便投入相当的人力、物力、财力对他们加以培训，等新员工终于有了一定技能并能为企业效力的时候，却往往“人往高处走”，去寻找新的更大的平台以施展自己的才华。而企业却成了只养兵不用兵、只投入不回收的培训基地。但由于企业没有与员工签订书面劳动合同，没有明确约定工作期限，在员工辞职离开时，也只有望洋兴叹。有的企业与员工虽有过口头约定的工作期限，但员工违口头之约而辞职时，企业因无法举证而无法寻求法律的保护。
由此可见，没有书面的劳动合同，用人单位的合法权益就无法得到完全的保障。但就劳动关系主体双方而言，做为“弱势群体”的劳动者，在没有书面合同的情况下，其合法权益受到侵害的情况却更为普遍。
2.劳动者的合法权益不能保障
劳动者合法权益被侵害的例子数不胜数，被侵害的合法权益涉及方方面面，从下面的一组案例中可见一斑：
张小姐在某健身俱乐部工作了一年，某日忽被部门主管告知“回家不用来了”。这时，她才意识到自己竟然当了一年的临时工，一直在拿试用期工资，俱乐部也未为她缴纳“三金”。因为，她没有签订劳动合同。
由于同样原因，杨女士工作的公司，甚至否认杨在公司服务过，更不理睬她提出的合理的报酬要求。为了证明事实劳动关系，她只好偷偷揣着微型录音机，与该公司老板“斗智斗勇”。
许某是天景商贸公司的一名销售员，2002年8月，由于业务繁忙，公司多次要求许某加班，并且威胁许某如不加班公司将会把他辞退。许某在8月份有20个工作日工作时间达到10个小时，并且连续两个周末没有得到休息。在月底领取工资的时候，许某发现公司没有支付给他应有的加班费，只是给予了少量的误餐费。许某找到公司领导要求补发加班费，公司却以未与之签订书面劳动合同，没有加班费用的具体约定为由拒绝了许某的合理要求。
黄某是炼钢厂的锅炉工，1998年8月经招工录用到该厂工作，1999年2月，由于锅炉老化，黄某所在炼钢车间的锅炉发生爆炸，正在炉前工作的黄某当场被炸成重伤，经抢救诊断，70%以上的皮肤均为一级烧伤。黄某家属要求炼钢厂支付黄某的医药费，并给予经济上的赔偿。炼钢厂在支付完黄某的抢救费用后便拒绝支付其他费用。理由很简单：黄某进厂时没有签订书面的劳动合同，属厂里的临时工，医疗费用自行解决。
以上的例子还有很多，由于用人单位未与劳动者签订书面劳动合同，劳动者在加班加点、工伤、产假、职业病等许多方面的合法权益不被用人单位认可。即使劳动者向当劳动争议仲裁委员会提起诉讼，也往往因缺乏约定条款，举证困难而不能获得满意的结果。
3.劳动纠纷不易处理
无论是用人单位的合法权益被损害，还是劳动者的合法权益被损害，都势必引起劳动纠纷，用人单位和劳动者在双方协商未果的情况下，往往会诉之当地的劳动争议仲裁委员会或当地法院以寻求法律的保护。然而由于未签订书面劳动合同，执法部门面对这种事实劳动关系的纠纷，因无法可依，不能形成统一的处理规则，有的只能进行强行调解，有的则干脆不予受理。致使部分劳动争议案件多年悬而未断，不仅不能还劳动关系主体一个公道，而且也影响了我国劳动关系的稳定和发展。
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